新基因功能研究的策略与方法精要.ppt

新基因功能研究的策略与方法;目 录;生物信息学预测;相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系 同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断 序列间的相似性越高，是同源序列可能性就更高;核苷酸序列相似性分析 BLASTn 用查询序列逐一搜索核酸数据库中的序列 氨基酸序列相似性分析 BLASTx 核酸序列翻译成蛋白质之后逐一搜索蛋白质数据库中的序列;/BLAST;;;Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。 E value:随机匹配的可能性 Identities:匹配上的碱基数占查询到的序列长度的百分比;;DNA序列的开放阅读框查找;;;;限制性核酸内切酶切位点 外显子、内含子剪切位点分析;蛋白质的理化性质分析;;;;疏水性分析;;蛋白跨膜结构分析 www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM 信号肽预测与识别 www.cbs.dtu.dk/services/signalP 蛋白质卷曲螺旋预测 /software/COLIS_form.html 磷酸化位点预测与识别 ;研究基因的时空表达模式;研究基因的时空表达模式;mRNA水平的表达谱分析;蛋白水平的表达谱分析;细胞及动物水平验证;