二级数据库。.ppt

PIR提供三种类型的检索服务: 一是基于文本的交互式查询， 用户通过关键字进行数据查询。 二是标准的序列相似性搜索， 包括BLAST、FastA等。 三是结合序列相似性、注释信息 和蛋白质家族信息的高级搜索， 包括按注释分类的相似性搜索、 结构域搜索等。;三个子数据库;2、SWISS-PROT ; （1）注释 在SWISS-PROT中，数据分为核心数据和注释两大类。 核心数据包括： 序列数据、参考文献、分类信息（蛋白质生物来源的描述） 注释包括： （A)蛋白质的功能描述； (B)翻译后修饰； (C)域和功能位点，如钙结合区域、ATP结合位点等； (D)蛋白质的二级结构； (E)蛋白质的四级结构，如同构二聚体、异构三聚体等； (F)与其它蛋白质的相似性； (G)由于缺乏该蛋白质而引起的疾病； (H)序列的矛盾、变化等。;（2）最小冗余;TrEMBL (http://www.ebi.ac.uk/trembl/index.html) 是与SWISS-PROT相关的一个数据库。 包含从EMBL核酸数据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列，并且这些序列尚未集成到SWISS-PROT数据库中。 TrEMBL有两个部分： （1）SP-TrEMBL(SWISS-PROT TrEMBL) 包含最终将要集成到SWISS-PROT的数据，所有的SP-TrEMBL 序列都已被赋予SWISS-PROT的 登录号。 （2）REM-TrEMBL(REMaining TrEMBL) 包括所有不准备放入SWISS-PROT的数据，因此这部分数据都没有登录号。 ;4、PROSITE; 包括： Swiss-Prot TrEMBL PIR  用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP 下载数据。; UniProt包含3个部分： （1）UniProt Knowledgebase（UniProt） 蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心 （2）UniProt Non-redundant Reference（UniRef）数据库 将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中 以便提高搜索速度； （3）UniProt Archive（UniParc） 资源库，记录所有蛋白质序列的历史。 ;结构数据库;;PDB（Protein Data Bank） PDB中含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构 蛋白质 核酸 糖类 其它复合物 ;PDB Content Growth ;蛋白质结构数据库PDB中不同种类数据统计 ;显示分子结构（RasMol ， ChemView ）;MMDB(Molecular Modeling Database);MMDB 实用工具;蛋白质结构分类数据库; 分类层次;蛋白质结构分类数据库SCOP;http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/;http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/;http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new/index.html;http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new/index.html;基因组数据库（GDB） ;与染色体相关的信息;基因组数据库;/;其它模式生物基因组数据库 如：鼠基因组数据库 MGD （/） 酵母基因组数据库 SGD （/Saccharomyces/）;Ensembl (/）;Ensembl 数据库结构图 ;Ensembl提供多种查询方式 通过关键字查询 用BLAST进行相似序列的搜索 另一种更直观的方式是显示各染色体 用户可以在染色体水平上选择感兴趣的位点， 逐层放大 浏览整个基因组;;人的第9号染色体及大鼠对应的染色体片段;其它生物分子数据库;表达序列标记数据库dbEST;序列标记位点数据库dbSTS;面向基因聚类数据库UniGene;蛋白质二级结构数据库DSSP;蛋白质同源序列比对数据库HSSP;;OMIM;EPD;TRRD;TRANSFAC;BODYMAP;农业类数据库;农业类数据库;GDB