解密根际微生物对细菌性疾病的抑制.docVIP

解密根际微生物对细菌性疾病的抑制真核细胞生物一样病原体,共生的根瘤菌和真菌这几个方面微阵列鉴定在抑制疾病土壤中生长的重要的植物根际细菌与古菌菌落成员我们随后把特殊的细菌分类单元分离出来作为目标阐明潜在的病原体控制的生物合成途径的基因和路径我们研究的土壤能抑制水稻纹枯病菌许多农作物包括甜菜、马铃薯、大米等病害的真菌病原体这个土壤于在荷兰甜菜研究所进行了实地调查在土壤被发现之前水稻纹枯病菌水稻纹枯病菌的立枯丝核菌的土壤在(Fig. 1B and fig. S1)。使用伽马辐射土壤以后也会使土壤失去抑制病害的能力(1 to 10% 的百分比)与患病型土壤混匀(Fig. 1 and fig. S1).。这些结果表明抑制病害的活性物质为自然中的微生物。 根据甜菜土壤根际微生物水平宏基因组水稻纹枯病菌接种在患病土壤中哪些细菌对病原体真菌的存在具有反应(fig. S3). 在根际微生物中一共检测到了33,346个细菌和古细菌操作分类单元(Fig. 2A)主要细菌门的总体分布Chloroflexi（绿弯菌门）1%,蓝藻细菌Cyanobacteria20%，厚壁菌门Firmicutes 和变形菌门 Proteobacteria分别为未分类的细菌门(fig. S4).。 当比较六种土壤处理时，细菌操作分类单元未发现有显著的区别(Fig. 2A)，然而当把检测到的分类单元丰度考虑进来的时候6个样品的聚合与六种处理相符合(Fig. 2B and fig. S5).这些结果表明几种细菌分类群的相对丰富度是更重要的指标相对于特殊菌群的存在来说菌门Pseudomonadaceae, Burkholderiaceae, Xanthomonadales）和厚壁菌门Lactobacillaceae)被鉴定为与抑制病害关联最多的动态分类群：相比患病土壤这些菌在抑病土壤中更丰富；相比患病土壤在转化土壤中更丰富；相比患病土壤，相比接种病原菌土壤，在抑制土壤更丰富(Fig. 3 and tableS3)。单独的聚类分析能确认他们与抑制病害土壤之间的关系(fig. S6)。相比患病土壤，放线菌在抑病土壤中也更丰富 (Fig. 3)。基于培养方式鉴定抑病土壤中具有特殊功能的类群可使用遗传与基因分析。例如，假单胞菌科细菌已经被发现对自然环境中一些真菌病原体具有抑制作用显而易见地是我们使用免培养进行PhyloChip分析指出变形菌门特别是假单胞杆菌科在抑制中具有重要作用因此随后我们把工作的重点放在了研究假单胞杆菌中根际悬浮液进行培养table S4）。从培养基中获取了大部分抑病土壤中分离的拮抗菌，使用DNA指纹识别将其分为10个单元型SH-A to SH-J），16S rDNA测序确定这些类群属于假单胞杆菌(Fig. 4A)16S rDNA在PhyloChip数据库中比对证实这些单元型与具有活力的假单胞杆菌高度相似(94 to 98% identity) (table S3)(Fig. 4B).。 SH-A（38），SH-B（21），SH-C（37）占了从抑病土壤中分离到的菌株的SH-C52保护植物种子不被病原菌侵染(fig. S7)SH-C52的syrE具有丁香假单胞菌的syr-syp基因生物合成路径非核糖体合成酶突变体O33没有像与其亲本的SH-C52一样保护植物种子被病原菌侵染(fig. S7)thaAB 和thaC1C2D，被预测为编码九氨基氯化脂肽(fig. S8)变形菌门特别是假单胞菌NRPS分泌氯化脂肽来保护植物不被病原菌感染。更深层次的分析揭示了植物与植物患病有关的单倍体SH-A和 SH-C的表达显著差异(fig. S7)假单胞菌类似的是一些其他的细菌群落在本研究中被发现与抑制病原体有关(Fig. 3)包括伯克氏菌科 黄色单胞菌目放线菌对病原真菌包括水稻纹枯病有抑制Koch’s等协同抑病菌一起抑制病原菌微生物群有微生物群有胡芬镇(51o35’10”N4o34”44’E)甜菜种植地收集深度为0-30 cm植物碎屑放置于桶中BLGG-AgroXpertus进行宽6 cm; 高8 cm荷格伦特标准溶液浇水可分为抑病土壤患病土壤患病土壤与抑病土壤比例伽玛辐射抑病土壤这几类对于每份土壤的处理进行了四个重复立枯丝核菌使接种于土壤表面底部芯片分析根据种植在土壤中的甜菜苗的微生物不同抑制疾病能力进行宏基因组学分析对于六种土壤处理宏基因组PowerSoil分离试剂盒使用说明提取并根据Hazen描述进行rDNA片段的杂交染色芯片扫描OTU的数据分析选择和Hazen等人的类似OUT经过PhyCA分析用于进一步分析允许未分类PhyCA分析的界定值为rQ1 0.646, rQ2 ≥ 0.884, and rQ3 ≥ 0.945(rQ目标靶位点与在标准样品中相同靶位点的表达变化情况).使用