中国农业大学食品学院生物化学笔记讲解.pdf

才思教育考研考博全心全意 更多资料下载： 中国农业大学食品学院生物化学笔记讲解 每个残基可采取3个不同位置 构象总数：3100=5×1047 每搜索一种构象时间：10-13秒 总搜索时间：5×1034=1.6×1027年 Levinthal疑难 累积选择（cumulativeselection）：每次搜索时把正确折叠的那部分结构保留下来。蛋白质折叠实质就是 保 留局部正确折叠的中间体。 累积中间体的研究困难：折叠态和伸展态之间自由能差值小（40kj左右）；研究工具和研究方法相对滞后。 主 要有：停流法、温度跃迁法、脉冲标记核磁共振法、专一诱变和蛋白质工程等 2、蛋白质折叠经过熔球的中间体阶段 蛋白质折叠过程中存在熔球态M（moltenglobule)，它含有二级结构，无完整三级结构，实际上熔球态M是 蛋白质中伸展态和天然态之间常见中间体的总称。形成熔球的驱动力是侧链间的疏水相互作用。 牛胰核糖核酸酶： U1 U2 N α-乳清蛋白U M N 球蛋白折叠步骤（五步）：成核，初始结构域，熔球态，结构域调整，完整三级结构形成 3、体内蛋白质折叠有异构酶和伴侣蛋白质参加 伴侣蛋白： 两种模式： Hsp70Hsp40 Hsp60 蛋白质二硫键异构酶（proteindisulfideisomerse)PDI 肽基脯氨酸异构酶(peptidylprolylisomerase) ㈤蛋白质结构的预测 1、二级结构的预测 氨基酸残基在二级结构元件中出现频率具有相对规律性，二级结构元件的形成与局部氨基酸残基种类有关。 Glu、Met、Ala和Leu在α螺旋中出现频率高，Gly、Pro在β转角出现频率高，Val、Ile和芳香族氨基酸在 β折叠片中出现频率高。 1974年ChouP.FasmanG.提出预测算法，基于单残基统计的经验预测方法。通过统计获得单残基构象倾向 性因子P 根据对29种已知蛋白质共4741个残基所作分析，把20种残基分成6个组：H、h、I、i、b和B 经验规则： A、α螺旋预测：相邻的6个残基中若有至少4个残基倾向于形成螺旋，则被认为是螺旋核。螺旋核向两端延 伸 直至4个残基的α螺旋倾向性因子的平均值＜1.0为止，且无Pro出现。如果延伸的片段≥1.03，Pα＞Pβ 则被预测为α螺旋 才思教育考研考博全心全意 更多资料下载： B、折叠片预测：相邻的5个残基中若有3个残基倾向于形成折叠片，则被认为是折叠核，向两端延伸直至4 个 残基的Pβ＜1.0，如果延伸后的片段Pβ＜1.05，则被预测为β折叠片。 C、β转角：Pt＞1.0且＞Pα，Pβ，被预测为β转角。 2、三级结构的预测 折叠的计算机模拟：三级结构预测相对复杂，结构预测准确性低；同源蛋白质一级结 构相 似，三级结构具有相似性，据此可以进行结构预测；目前利用专业程序LINUS，能进行小蛋白结构预测 十、亚基缔合和四级结构 ㈠有关四级结构的一些概念 1、蛋白质的四级结构(QuaternaryStructure)是指由多条各自具有一、二、三级结构的肽链通过非共价键 连接 32 起来的结构形式；各个亚基在这些蛋白质中的空间排列方式及亚基之间的相互作用关系。 2、亚基（单体）：这种蛋白质分子中，最小的单位通常称为亚基或亚单位Subunit，它一般由一条肽链构 成， 无生理活性；维持亚基之间的化学键主要是疏水力 3、单体蛋白质：仅由一个亚基组成并因此无四级结构的蛋白质。 4、寡聚蛋白质：由多个亚基聚集而成的蛋白质常常称为寡聚蛋白；根据亚基组成种类分为：同多聚蛋白质； 杂 多聚蛋白质 5、原聚体：对称的寡聚蛋白质分子可视为由两个或多个不对称的相同结构成分组成，这种相同的结构成分 组成 为原聚体。同多聚蛋白质原聚体为亚基，杂多聚蛋白质原聚体为两种或多种亚基组成的单位。 ㈡四级缔合的驱动力 范德华力，氢键，离子键，疏水作用和二硫键；其中主要为疏水作用；氢键，离子键提供专一性作用 ㈢亚基相互作用的方式 相同亚基间的缔合 同种缔合如前清蛋白， 异种缔合如病毒外壳蛋白 有些形成环状封闭结构如ATC酶 ㈣四级结构的对称性 大多数寡聚蛋白质分子其亚基排列是对称的 ㈤四级缔合在结构和功能上的优越性 1、增强结构的稳定性：通过降低表面积与体积之比使蛋白质在能量趋于稳定。 2、提高遗传经济性和效率：编码一个单体蛋白的DNA比编码相同分子量的蛋白要多。 3、使催化基团汇集在一起：不同单体的催化基团汇集成完整的催化部位；不同的亚基有不同的催化功能 4、具有协同性和别构效应：多亚基蛋白质具有多个结合部位，结合在特定部位上的配体对该分子的其它部 位产 生影响称为别构效应 第六章蛋白质结构与功能的关系 蛋白质结构与功能关系概述 蛋白质一级结构决定蛋白质的高级结构，蛋白质序列与其功能关系密切，蛋白质一级结构的变异直接影响