综合序列剖析软件BioEdit中文的说明书.pptVIP

综合序列分析软件BioEdit ;BioEdit简介;序列的常规操作：;BLAST;主要内容;一、绘制质粒图（Plasmind drawing）;;1.Restriction sites:(限制性位点) ;　　想要显示图谱中的限制性内切酶，从右边(“Dont Show ”中)选择任何想要的酶，用 按钮将它们移动到左边。按下“Apply Close ”时，这个位点就会增加到图谱中。指定的酶如果只有一个酶切位点,就会在酶切位点上出现一个“U ”。如果没有“U”， 将会显示第一个酶切位点。想要移动图谱中酶的位置，在“Show ”中增加选择的酶的亮度，按下 按钮将它们移动另一边。 ;2.Positional marks (位置标记): 　　点击“Vector ”菜单中的“Positional Marks ”选项，可以出现以下对话框： ? 　　可以通过移动位置标记到“Show” 中，单独增加位置标记，或者设定应用的分割标记数量。想要没有标记，选择“Divide into: ” 中的下拉菜单顶端的“None”。;3.Features (特征): 　　想要增加一个特征，如抗生素抵抗标记，从“Vector” 菜单选择“Add Feature”。 将显示以下对话框： 　　选择的类型是“Normal Arrow ”、“Wide Arrow ”、“Normal Box” 和、“Wide Box ”。在上面例子中的所有特征是“常规”宽度的。如果特征是一个箭头，箭头的方向将是从起点位置到终点位置。 　　增加特征或酶时，他们各自的标记增加在外面，中心是可能的尺寸。标记可以被选择工具选择、移动、编辑和缩放。;4.General Vector properties ;　　可以通过指定起点和末端位置，来增加多接头按钮。多接头显示为“Courier New ”字体。 　　在这个对话框中，特征可以被编辑、增加或者删除。想要编辑或删除一个现存的特征，在“Features”下拉式菜单中选择特征，并点击合适的按钮。点击“Add New” 按钮，可以增加一个新的特征。 　　现在只有一个圆形、单链质粒是有效的。在以后的版本中中将会改进。 　　“Font”按钮改变指示的默认字体。特征标记的字体将可以单独改变，但是位置标记不能单独改变。 ;二、Restriction Maps(限制性内切酶图);;2.BioEdit: 点亮你想要图谱的序列标题，从“Sequence” 菜单选择“Restriction Map” 。 以下选项将会显示在一个界面窗口： ;;3.Restriction Enzyme Browser (限制性内切酶浏览器 );　 在这个例子中，所有来源于Stratagene的限制性内切酶显示在左边的列表中，KpnI的亮度增加。KpnI的识别序列显示在顶端，同裂酶显示在它的下方，其他提供KpnI的公司显示在同裂酶的下方。BioEdit使用ReBase提供的gcgenz表，限制性内切酶数据在万维网的地址是：/rebase/ 。可以从ReBase 下载最新的gcgenz 表，将其命名为“enzyme.tab”， 并且替代在BioEdit安装文件夹中“tables ”目录下的旧文件。 　　注意：表必须是gcgenz格式的。你可以从tables文件夹中打开“enzyme.tab ”文件查看格式，或者查看“Restriction Maps ”。限制性内切酶表格文件名必须是“enzyme.tab ”，而且必须在BioEdit的“tables ”文件夹里。 ;1.氨基酸的组成;;2.熵图;3.疏水性轮廓(profile) ;4.瞬间疏水性轮廓(hydrophobic moment profile);5.平均瞬间疏水性轮廓;6.在联配中搜寻保守区 ;BioEdit version 5.0.9 Conserved region search Alignment file: Q:\Ribosomal_RNA\some_methanos.bio 5/10/04 8:57:33 PM ? Minimum segment length (actual for each sequence): 15 Maximum average entropy: 0.2 Maximum entropy per position: 0.2 Gaps limited to 2 per segment Contiguous gaps limited to 1 in any segment ? 2 conserved regions found ? Region 1: Position 755 to 774 Consensus: 755 AUUAGAUACCCGGGUAGUCC 774 ;Segment