分子進化分析与相关分析软件的应用.pptVIP

分子进化分析与相关分析软件的应用;内容提要;内容提要; 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 蛋白和核酸序列 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。;系统发育树是什么？;一个系统发育树;A;分子进化研究的基础（假设）; 在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。（分子钟理论， 1965 ） ; 虽然很多时候仍然存在争议，但是分子进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。;从一个分歧数据可以推测其他;直系同源(orthologs): 同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的. 旁系同源(paralogs): 同源的基因是由于基因复制产生的. (以上定义源自Fitch, W.M. (1970) Distinguishing homologous from analogous proteins. Syst. Zool. 19, 99–113) ;;paralogs; 以上两个概念??表了两个不同的进化事件 用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。;趋同进化的基因 (genes have converged function by separate evolutionary paths);异源基因或水平转移基因 (xenologous or horizontally transferred genes);Bacterium 1;Rooted by outgroup; 4.基因树，物种树;内容提要;系统发育树重建分析步骤;Bioinformatics Sequence and Genome Analysis David W.Mount Chapter 6 Phylogenetic Prediction;系统发育树重建的基本方法;最大简约法（MP）;序列个数与树的个数的关系;;信息位点(Sites are informative);优点： 最大简约法不需要在处理核苷酸或者氨基酸替代的时候引入假设（替代模型）。 此外，最大简约法对于分析某些特殊的分子数据如插入、缺失等序列有用。;缺点： 在分析的序列位点上没有回复突变或平行突变，且被检验的序列位点数很大的时候，最大简约法能够推导获得一个很好的进化树。 然而在分析序列上存在较多的回复突变或平行突变，而被检验的序列位点数又比较少的时候，最大简约法可能会给出一个不合理的或者错误的进化树推导结果。;;距离法;计算序列的距离，建立距离矩阵;一种简单的距离矩阵;由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： 1.Fitch-Margoliash Method（FM法） 2. Neighbor-Joining Method (NJ法/邻接法) 3. Neighbors Relaton Method(邻居关系法) 4.Unweighted Pair Group Method (UPGMA法);Fitch-Margoliash方法（FM法）;;DE距离=d+e (1) D到ABC间的平均距离=d+m (2) E到ABC间的平均距离=e+m (3) (2)-(3)+(1) d=4,e=6;;c+g+(e+d)/2=19 (1) c+f+(a+b)/2=40 (2) (e+d)/2+(a+b)/2+f+g=41 (2) (1)+(2)-(3) 得：c=9;c+g+(e+d)/2=19 (e+d)/2=5,c=9,则g=5;由：(a+b)/2+f+g+(d+e)/2=41 得：f=20 由：a+f+c=39 得：a=10，则b=12;1.找出关系最近的序列对，如A和B 2.将剩余的序列作为一个简单复合序列，分别计算A、B到所有其他序列的距离的平均值 3.用这些值来计算A和B间的距离 4.将A、B作为一个单一的复合序列AB，计算与每一个其他序列的距离，生成新的距离矩阵 5.确定下一对关系最近的序列，重复前面的步聚计算枝长 7.从每个序列对开始，重复整个过程 8.对每个树计算每对序列间的预测距离，发现与原始数据最符合的树;NJ/邻接法; 把A、B看成一个新的复合序列，构建一个新的距离表，重复以上过程。;邻居关系法;UPGMA法;c=19/2=9.5 g=c-d=9.5-5=4.5;a=b=22/2=11;;距离矩阵的改进：将序列相似性转化为距离记分;P=0.007时Srand的值为：;修正后的相似值S表示为：;最大似然法（ML）; 最大似然法分析中，选取一个特定的替代模型来分析给定的一组序列数据，使得获得的每一个拓扑结构的似然率都为最大值，然后再挑出其中似然率最大的拓扑结构作为