第五章 多序列比对上机实习精要.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 第五章 多序列比对 Multiple Sequence Alignment ClustalX2.0的使用 ClustalX2.0是ClustalW2.0的带窗口版，可运行于Windows和Linux操作系统。下面的截图介绍如何使用ClustalX2.0 。 1.可到多个网站下载ClustalW/X，其中一个网站是ebi。点击黄色图标“Download Software”开始下载。 2.ClustalW存在多个版本，2.0之前统称ClustalW，2.0之后统称ClustalW2和ClustalX2。 3.选定版本后可选择下载ClustalW或ClustalX。 4.安装成功后的界面，Load Sequence用于加载数据文件。注意数据文件必须在ClustalX目录里。 5.由菜单 Alignment- Alignment Parameters- Multiple Alignment Parameters 进入参数设置页面，这些参数包括Gap Opening、Gap Extension和各种替换计分矩阵。 6.ClustalX使用FASTA格式的数据文件。左图文件是所示例子的数据，每条数据有一个注释行，它以开头。 7.加载后比对前的数据。 8.由菜单Alignment-Alignment Para