Genetic and Computational Identification of a Conserved Bacterial Metabolic Module 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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Genetic and Computational Identification of a Conserved Bacterial Metabolic Module 英文参考文献.doc

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Genetic and Computational Identification of a Conserved Bacterial Metabolic Module 英文参考文献

GeneticandComputationalIdentificationofaConserved BacterialMetabolicModule CaraC.Boutte1,BalajiS.Srinivasan2,3,4,JasonA.Flannick3,AntalF.Novak3,AndrewT.Martens1, SerafimBatzoglou3,PatrickH.Viollier5,SeanCrosson1,6,7* 1DepartmentofBiochemistryandMolecularBiology,UniversityofChicago,Chicago,Illinois,UnitedStatesofAmerica,2DepartmentofStatistics,StanfordUniversity, Stanford,California,UnitedStatesofAmerica,3DepartmentofComputerScience,StanfordUniversity,Stanford,California,UnitedStatesofAmerica,4StanfordGenome Technology Center, Stanford University, Palo Alto, California, United States of America, 5Department of Molecular Biology and Microbiology, Case Western Reserve University,Cleveland,Ohio,UnitedStatesofAmerica,6TheCommitteeonMicrobiology,UniversityofChicago,Chicago,Illinois,UnitedStatesofAmerica,7Graduate PrograminBiophysicalSciences,UniversityofChicago,Chicago,Illinois,UnitedStatesofAmerica Abstract We have experimentally and computationally defined a set of genes that form a conserved metabolic module in the a- proteobacteriumCaulobactercrescentusandusedthismoduletoillustrateaschemaforthepropagationofpathway-level annotation across bacterial genera. Applying comprehensive forward and reverse genetic methods and genome-wide transcriptional analysis, we (1) confirmed the presence of genes involved in catabolism of the abundant environmental sugar myo-inositol, (2) defined an operon encoding an ABC-family myo-inositol transmembrane transporter, and (3) identified a novel myo-inositol regulator protein and cis-acting regulatory motif that control expression of genes in this metabolicmodule.Despitebeingencodedfromnon-contiguouslociontheC.crescentuschromosome,thesemyo-inositol catabolicenzymesandtransporterproteinsformatightlylinkedfunctionalgroupinacomputationallyinferrednetworkof proteinassociations.Primarysequencecomparisonwasnotsufficienttoconfidentlyextendannotationofallcomponents ofthisnovelmetabolicmoduletorelatedbacterialgenera.Consequently,weimplementedtheG