相互作用势.pptx

分子动力学模拟的基本步骤 分子动力学模拟的实际步骤可以划分为四步： 1、设定模拟所采用的模型 模型的设定，也就是势函数的选取。势函数的研究和物理系统上对物质的描述研究息息相关。 2、给定初始条件 运动方程的求解需要知道粒子的初始位置和速度，不同的算法要求不同的初始条件。 如：verlet算法需要两组坐标来启动计算，一组零时刻的坐标，一组是前进一个时间步的坐标或者一组零时刻的速度值。 第五节 分子动力学模拟的基本步骤 3、趋于平衡的计算过程 为使得系统平衡，模拟中设计一个趋衡过程，即在这个过程中，增加或者从系统中移出能量，直到持续给出确定的能量值。 称这时的系统已经达到平衡。 4、宏观物理量的计算 实际计算宏观物理量往往是在分子动力学模拟的最后阶段进行的。 它是沿着相空间轨迹求平均来计算得到的。 第四节 原子间相互作用势 物理学专业基础课 计算物理及其应用 第四节 原子间相互作用势 分子动力学模拟的核心问题是求解牛顿运动方程组，而关键问题是原子间作用势的确定。 通常是通过实验拟合或半经验解法得到原子间作用势，然后求得系统能量。 固体间的性质，依赖于分子的本性与分子间的相互作用或分子间的相互作用力，由统计力学的系统理论可知，只要知道决定分子间作用力的势能函数形态，就可以通过计算求得各种力学性质。 分子间的相互作用力 以力的本性来区分有：万有引力、强核力、弱核力、电磁力。 其中万有引力太小，例如在典型的分子间几乎接触的距离约0.2－0.3nm，对于能量的贡献约为－10-30J左右； 强核力和弱核力的作用距离都在10-4nm以内，分子间的距离通常比此值还要大得多； 只有电磁力能够正确解释分子间的相互作用。 分子间相互作用与势函数 分子间作用力主要有： 长程的引力，包括静电作用、诱导作用和色散作用； 短程的斥力，它是由于电子云重叠所产生的。 将分子间作用力的理论透过量子力学的计算与光谱等实验的方式，求得分子间势能函数。 两原子核的运动受一个只依赖于两原子核之间距离r的位势V(r)支配。 在远距离处是吸引势（Van der Waals相互作用），而在近距离处是排斥势（原子核的Coulomb相互作用和电子的Pauli斥力）。 势函数U看作是原子间相互作用势V和外势Ue之和 势函数发展简介 1924年，Lennard-Jones发表了著名的负幂函数式的Lennard-Jones势函数的解析式。 1929年，Morse发表了指数式的Morse势。1931年，Born和Mayer发表了描述离子晶体中两离子间相互作用的Born-Mayer势函数。 1983年至1984年间，Daw和Baskes提出了金属材料中的嵌入原子势(EAM)的概念和算法。 几乎同时，Finnis和Sinclair根据密度函数二次矩理论提出形式上与EAM基本相同的经验F-S模型。 势函数发展简介 Lennard-Jones势、Morse势、Born-Mayer势和EAM势都是半经验势。一般分为二体势能和三体以上的多体势能函数。 N个相互作用的粒子的能量可以写成单体、二体、三体以及更多体势的和 式中， 是第n个粒子的位置， 函数称为“m体势”。 1985年，Abell提出一种Morse形式的原子间相互作用的Abell势模型，它比传统的二体势和三体势变换更精确。 对 势 物理学专业基础课 计算物理及其应用 Lennard-Jones势 早期的分子动力学主要用于模拟惰性气体和液体，发展了一些对势模型。 其中应用非常普遍的是Lennard-Jones势。Lennard-Jones势由John Edward Lennard-Jones在1931年提出。 Lennard-Jones势函数表示为： Lennard-Jones势 式中，第一项代表短程排斥力项，这一项对rij的负导数为正，即为排斥，幂次高，在rij小的时候起主导作用； 第二项代表远程吸引力项，这一项对rij的负导数为负，即为吸引，幕次低，在rij大的时候起主导作用。 其中：-ε为位势的最小值，这个最小值出现在距离r 等于21/6σ的地方。α和β分别代表粒子A和B。r=σ时位势为零。 在分子动力学中，一般使用约化单位。当选取原子的质量=1时，原子的动量和速度以及力和加速度在数值上相等。 Lennard-Jones势 在Lennard-Jones势作用下，第i个粒子与元胞内其它N-1个粒子或其最邻近的影像粒子的相互作用力在x方向的分量为： Lennard-Jones势函数与力场函数曲线 镶嵌原子势EAM Embedded atom method