上机操作之一--数据库查询.ppt

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上机操作之一--数据库查询创新

上机操作一、数据库查询与搜索 * * 一、文献查询 一)中文文献查询 1 ?李晨,?闫晓红,?杨洁,?杨清,?魏文辉. 植物人工染色体:下一代基因工程的载体[J].中国农业科学 2011,44(4):657-663 2在CNKI中 查询2005年-至今查询关键词为“代谢组学” 的学术期刊论文,并下载1篇代表性文章。 二)外文文献查询 1 Stupka E. Large scale open bioinformatics data resources[J ] . Curr Opin Mol Ther, 2002 ,4(3) : 265 - 74. 上机操作内容 2在PMC全文数据库中查询以下论文全文: Joanna K. MacKichan, Helen L. Gerns, Yu-Ting Chen, Peng Zhang, and Jane E. Koehler. A SacB Mutagenesis Strategy Reveals that the Bartonella quintana Variably Expressed Outer Membrane Proteins Are Required for Bloodstream Infection of the Host. Infect Immun. 2008 February; 76(2): 788–795   3 在PubMed数据库中查查询2008年至今的关于植物抗倒伏(plant lodging-resistance)有关的文献。 二、数据库查询练习 相关网址: 1 在Nucleotide中查询5.8S RNA的核酸序列。 2 利用Entrez查询关于玉米(Zea mays)脱氧麦根酸合成酶(DMAS,deoxymugineic acid synthase)核酸序列,并以GenBank 格式下载,熟悉序列记录格式。 3在UniProt 数据库中查询关于植物铁载体合成相关酶(DMAS,deoxymugineic acid synthase)的蛋白序列,并将大麦DMAS1氨基酸序列以Fasta 格式下载保存。 (/) 4 在PDB结构数据库中查询耐辐射奇球菌的Mn-SOD(Manganese superoxide dismutase (mn-sod) from deinococcus radiodurans )的结构文件(2CDY)。 (/pdb/home/home.do) 上机操作指导 一、文献检索 (一)中文文献 下载全文 二、查询序列 查询结果 序列下载 *

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