GROMACS软件并行计算性能分析①.PDFVIP

计 算 机 系 统 应 用 2016 年 第 25 卷 第 12 期 ① GROMACS 软件并行计算性能分析 张宝花, 徐 顺 (中国科学院计算机网络信息中心 超级计算中心, 北京 100190) 摘 要: 分子动力学模拟是对微观分子原子体系在时间与空间上的运动模拟, 是从微观本质上认识体系宏观性 质的有力方法. 针对如何提升分子动力学并行模拟性能的问题, 本文以著名软件GROMACS 为例, 分析其在分子 动力学模拟并行计算方面的实现策略, 结合分子动力学模拟关键原理与测试实例, 提出 MPI+OpenMP 并行环境 下计算性能的优化策略, 为并行计算环境下实现分子动力学模拟的最优化计算性能提供理论和实践参考. 对 GPU 异构并行环境下如何进行 MPI 、OpenMP、GPU 搭配选择以达到性能最优, 本文亦给出了一定的理论和实例 参考. 关键词: 分子动力学模拟; GROMACS; 并行计算 Parallel Computing Performance Analysis on GROMACS Software ZHANG Bao-Hua, XU Shun (Supercomputing Center, Computer Network Information Center, CAS, Beijing 100190, China) Abstract: Molecule dynamic (MD) simulation is used for simulation of atomic systems. It is a powerful tool for understanding relationships between microcosmic nature and macroscopic properties. In view of the problem of how to improve the performance of parallel MD simulations, in this paper taking the famous GROMACS software as an example, we study its implementation strategy on parallel computing performance, combining with the key principles of MD and the results of test cases, and we propose optimization strategies of performance under MPI and OpenMP parallel environment. It can provide theoretical and practical reference for optimizing performance of MD software. In addition, we also study that in the GPU heterogeneous parallel environment how to tune MPI/OpenMP and GPU to obtain the best performance. Key words: molecule dynamic simulation; GROMACS; parallel computing 2013 年的诺贝尔化学奖授予了 Martin Karplus 、 模拟能够在更大空间尺度和时间尺度上进行. 比如 Michael Levitt 和 Arieh Warshel 三位理论化学家, 以肯 GROMACS 软件的基础框架设计就立足在高性能计算 定他们在 “ 开发多尺度复杂化学系统模型”方面所做 环境. 的贡献.