Cytoscape使用方法.pdf

提供领先的基因组学解决方案 Providing advanced genomic solutions Cytoscape Quick Start 1. 安装 JDK1.6 32 位下载地址： /webapps/download/AutoDL?BundleId=83383 64 位下载地址： /webapps/download/AutoDL?BundleId=83385 2. 安装 Cytoscape2.8.3 下载下址： /download.html 3. 打开 Cytoscape 软件，根据菜单导入*.ppi.txt 文件数据： File — Import — import network from table （Text/MS Excel ）会弹出导入文件的对话 ， 在对话框中做设置如下： （1）Input file: 选择文件路径 （2 ）Source interaction: column 1 （3 ）Target interaction: column 2 （4 ）Preview: 单击 column 3，此列会变绿，说明此列已可用 （5 ）单击 Import 4. 根据菜单调整网络 打开互作数据后，点击如下菜单，调整过程如下 （可根据自己的爱好或要表达的信息来 调整网络）： 1）view —— Show Graphics Details ####将基因的名字显示在节点上 2 ）Layout —— Cytoscape Layouts — Force-Directed Layout — unweighted 3 ）Plugins —— Network Analysis — Analyze Network ，弹出如下窗口： 提供领先的基因组学解决方案 Providing advanced genomic solutions 4 ）如图所选，Treat the network as undirected — OK ，会弹出如下窗口： 5 ）如上图，点击 Visualize Parameters （用户也可了解网络的其他属性，如Node Degree Distribution 等，具体信息和意义可以参考 cytoscape 的在线帮助或联机帮助），弹出如下图： （1）Map node size to: degree （2 ）Map node color to: Clustering Coefficient （3 ）Map edge size to: column 3 5.