细菌基因型和其基因符号1102.pdfVIP

整理 by raimi 大肠杆菌基因型及遗传符号说明 前言：实验室的一般大肠杆菌拥有 4288 条基因，每条基因的长度约为 950bp，基因间的平 均间隔为 118bp （基因Ⅷ）。E.coli 基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一 些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此 表明了基因组具有它的可塑造性。 利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从 而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型 (Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype ）。具有不同基 因型的菌株表现出不同的特性。 分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按 Demerec 等 1966 年提出的命名原则，采 用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。 大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）： 一、一般规则： 1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成 3 个小写斜体字母来表示。 例如：DNA Adenine Methylase→dam 。 2 、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在 3 个小 写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。例如：Recombination→recA 、recB 、recC 。 3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。如supE44 （sup 基因座 E 的44 位 突变）。如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“- ”代替大 写字母，如 trp-31 。 4 、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。这些符号包括菌株携带 的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。其基因符号应与基因座的表示 符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基 因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。 5、对于携带附加体的菌株的完整基因型描述应包括附加体的状态（游离或整合）。以F 因 子为例，F- ：F 因子缺失；F+ ：自主性 F 因子，不携带任何遗传可识别染色体片段；F’ ： 携带有遗传可识别细菌染色体片段的自主性 F 因子；Hfr ：整合到染色体上的F 因子（high frequency of recombination ）。当这些质粒或噬菌体片段变异或缺失时，用（ ）”或“/ ” 等以区别。例如：/F [traD36 、proAB 、lac I q、lacZ 　M15] 6、某个基因或某个领域缺失时，在其基因型前面加上“　”表示。例如：lac-proAB 基因缺 失时它的基因型表示为　(lac-proAB) 。 7、由于某种基因的变异导致大肠杆菌可以明显观察到特征变化，有时也用其表现型代替基 因型进行表示。例如：某些抗药性的获得或丧失，用如下方式表示：Streptomycin 抗性→Str DICP-1816 菌株管理档案 1——细菌菌株基因型及基因符号说明 1 整理 by raimi + r - 或 Str ，Ampicillin 敏感性→Amp 。 (第一个字母要大写, “+ ”或“r ”表示有抗性, “- ”表 示无抗性或敏感) 。 8、根据某些特异性蛋白的变异及其导致的结果变化进行表示。 例如：TH2 菌株上有一种基因型表示如下：hsdS20 (rB- 、mB-) ，其中S20 代表特异性识别 蛋白发生变异，()中的 rB- 、mB-表示由于 S20 的变异而导致B 株来源的 hsdR 和 hsdM 的功 能缺失。 9、蛋白质的名称与对应的基因或等位基因相同，但不用斜体，且首字母大写，如，UvrA 、 UvrB 。 二、基因符号和意义（见表1） 部分基因符号和意义 基因符号