基于LAM-MPI及OpenMP的机群编程环境配置及应用.pdfVIP

!Q堕篁塞!塑【星量塑塑2 囱毫!量；基垂坠坠=婴翌墅鲤鱼垫壁堡堡堡撞堡重皇墼旦 9月15日出版 基于LAM—MPI和OpenMP的机群 编程环境配置与应用 向文刘青昆于方郑晓薇 (辽宁师范大学计算机与信息技术学院，辽宁大连116029) 摘要：采用LAM一姗实现节点间粗粒度并行和O脚实现节点内细粒度并行这种混合编程方式 为SMP机群提供了一种有效并行策略．讨论了LAM—MPI+OpenmP混合编程环境的快速搭建以厦多粒 度混合并行编程方法，实现了分子动力学模拟问题的多粒度混合并行算法，并在搭建的8节点sMP机 群环境中完成测试工作． 美键词：LAM—MPI；OpenmP；机群环境；混合编程 中图分类号：TP311文献标识码：A 文章编号：1009—315X(2007)05—0041—04 随着计算机技术日益进步，SMP机群已经成 1并行环境配置 为高性能计算机体系结构中的主流体系结构． SMP机群具有每个节点内部有多个处理器和节点 这里采用的并行环境为SMP机群体系结构， 间通过高速网络连接等特点，节点内共享存储、 通过1000Gb以太交换机连接多台共享内存处理 节点间分布式存储，是理想的并行编程硬件结 器．其中包括基于共享内存的8台SMP节点机， 构““．目前较为流行的并行程序设计模型为基 每个节点机都有两个主频为2．8GHz的Xeon 于消息传递的MPI(MessagePassingInterface)编 ECC U1． CPU，内存为SDRAM2GB，外存为SCSI 程方法．而这种纯消息传递模式并不能在多处理 ira2：36．2GB．每台节点机上均运行HnuxRH9操 器共享内存的机群上取得理想的性能．在这点 作系统． 上，作为基于共享内存结构编程模式的工业标准 1．1 LAM—MPI环境配置 OpmMP可以加以弥补．这种MPI+嘶mMP的混 lVIPI是一个库而不是一门语言．因此对MPI 合编程模型在节点内使用内存访问通信、在节点 的使用必须和特定的语言结合起来进行．在MPI 间使用消息传递，充分利用了SMP机群结构上 的具体实现上，目前比较有影响的为MPICH和 的特点，可以更好地发挥SMP机群的优势”“J． and Interface LAM—MPI．MPICH(MessagePassing 近年来，混合编程模型已经被应用到许多科学应 Chameleon)它是一个与姗规范同步发展的版 用中，并且在一些领域的应用获得了较大的成 功[7-9]． Area 重要贡献．LAM(Local 由于涉及两种并行环境，普通用户面临并行 OhioState 环境搭建繁杂耗时的问题，同时混合程序设计模 University开发，主要用于异构的计算 型要求管理2个不同的内存模型，这使得程序设 机