mega操作过程-多序列比对进化树.pptx

基础生物信息学及应用;多序列比对分子进化分析——系统发生树构建核酸序列的预测与鉴定酶切图谱制作引物设计;多序列比对;;第一节、多序列比对（Multiple sequence alignment）;1、概念;;2、多序列比对的意义;手工比对 在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序（辅助编辑软件如bioedit，seaview，Genedoc等）基础上，结合实验结果或文献资料，对多序列比对结果进行手工修饰，应该说是非常必要的。 为了便于进行交互式手工比对，通常使用不同颜色表示具有不同特性的残基，以帮助判别序列之间的相似性。 计算机程序自动比对 通过特定的算法（如穷举法，启发式算法等），由计算机程序自动搜索最佳的多序列比对状态。 ;穷举法;启发式算法;第二节 多序列比对程序及应用;1、Progressive Alignment Method;ClustalW 程序：ClustalW 程序可以自由使用 在NCBI/EBI的FTP服务器上可以找到下载的软件包。ClustalW 程序用选项单逐步指导用户进行操作，用户可根据需要选择打分矩阵、设置空位罚分等。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/ EBI的主页还提供了基于Web的ClustalW服务，用户可以把序列和各种要求通过表单提交到服务器上，服务器把计算的结果用Email返回用户（或在线交互