人、小鼠、大鼠血红蛋白及其编码基因序列分析.PDFVIP

实用生物信息技术课程第2 次作业 人、小鼠、大鼠血红蛋白及其编码基因序列分析 姓名 陈耿佳 学号_1301214752_ 组号_G01C_ 1. 认真阅读NCBI 书架（Bookshelf ）、PDB 分子月报（Molecule of the Month ）、UniProt 蛋白质精选（Protein Spotlight ）以及维基百科（Wikipedia ）等网站中有关血红蛋白的介 绍，了解血红蛋白的生理功能、空间结构、亚基组成等基本知识。 血红蛋白是高等生物体内负责运载O2 的功能蛋白质，存在于几乎所有的脊椎动物 体内，在某些无脊椎动物组织也有分布。血红蛋白的特性是：在O2 含量高的地方，容 易与O2 结合；在O2 含量低的地方，又容易与O2 分离。血红蛋白的这一特性，使红细 胞具有运输O 的功能。血液中的血红蛋白从呼吸器官中将O 运输到身体其他部位释放， 2 2 以满足机体氧化营养物质支持功能运转的需要，并将由此生成的CO2 带回呼吸器官中 以排出体外。平均每克血红蛋白可结合1.34ml 的O2 ，是血浆溶氧量的70 倍。一个哺 乳动物血红蛋白分子可以结合最多四个O2 分子。血红蛋白也参与其他气体的转运：它 能携带机体的部分O2 （大约10%）。亦可将重要的调节分子NO 结合在球状蛋白的某个 硫醇基团上，在释放O2 的同时将其释放。在红细胞及其祖系细胞以外也发现了血红蛋 白，包括黑质中的A9 多巴胺神经元、巨噬细胞、肺泡细胞以及肾脏中的系膜细胞。在 这些组织中，血红蛋白作为抗氧化剂和铁代谢（iron metabolism ）的调节因子存在。 血红蛋白化学式为C H O N S Fe 。人体内的血红蛋白由四个亚基构成，分 3032 4816 812 780 8 4 别为两个α亚基和两个β亚基，如图1 所示，红色、蓝色分别代表α、β亚基的肽链， 每条多肽链都由8 个α螺旋组成，在与人体环境相似的电解质溶液中血红蛋白的四个亚 基可以自动组装成 α β 的四聚体。血红蛋白整个分子具有222 对称性，即沿A 轴、B 2 2 轴和C 轴旋转180°角，αβ对都与另一αβ对相重合。   图1 人血红蛋白空间结构 （图片来自/wiki/Hemoglobin ） 血红蛋白的每个亚基由一条肽链和一个血红素分子构成，肽链在生理条件下会盘绕 折叠成球形，把血红素分子抱在里面，这条肽链盘绕成的球形结构又被称为珠蛋白。血 红素分子是一个具有卟啉结构的小分子，在卟啉分子中心，由卟啉中四个吡咯环上的氮 1    实用生物信息技术课程第2 次作业 原子与一个亚铁离子配位结合，珠蛋白肽链中第8 位的一个组氨酸残基中的吲哚侧链上 的氮原子从卟啉分子平面的上方与亚铁离子配位结合，当血红蛋白不与O2 结合的时候， 有一个水分子从卟啉环下方与亚铁离子配位结合，而当血红蛋白载O2 的时候，就由O2 分子顶替水的位置。 2. 查阅ENSEMBL 基因组数据库中已经或正在进行基因组测序的物种树，了解人、小鼠、 大鼠三个物种之间演化关系；检索物种分歧时间数据库 TimeTree ，了解人和小鼠、小 鼠和大鼠之间的分歧时间。 检索TimeTree ： 人类（Homo sapiens ）和小鼠（Mus musculus ）物种分歧时间为9.23 千万年前； 人类（Homo sapiens ）和大鼠（Rattus norvegicus ）物种分