基于局部茎搜索RNA二级结构预测算法枣.PDFVIP

PII]I! chemistr龌yand… 、)lnvw．pibb．ac．cn 基于局部茎搜索的RNA二级结构预测算法 枣 陈 翔 ，，钔 卜东波 ，’ 张 法 ， 高 文 ()中国科学院智能信息处理重点实验室，北京 100190； 中国科学院计算技术研究所，北京 100190 )北京大学信息科学技术学院，北京 100080；4)中国科学院研究生院，北京 100049 摘要 RNA的二级结构预测是生物信息学中一个已经有30多年历史的经典问题，基于最小自由能模型(MFE)的优化算法是 使用最为广泛的方法．但RNA结构中假结的存在使MFE问题理论上成为一个NP—hard问题，即使采用动态规划等优化算法 也会面临时间复杂度高的困难，同时研究还发现，由于受 RNA折叠动力学机制以及环境因素的影响，真实的RNA二级结 构往往并不处于 自由能最小状态．根据RNA折叠的特点，提出了一种启发式搜索算法来预测带假结的RNA二级结构．该 算法以RNA的茎为基本单元，采用启发式搜索策略在茎的组合空间中搜索 自由能最小并且出现频率最高的RNA二级结构， 该算法不仅能显著降低搜索RNA二级结构的时间复杂度，还有助于弥补单纯依赖能量预测 RNA二级结构的不足．在多种