蛋白质复合物结构预测集成分子对接方法.docVIP

蛋白质复合物结构预测的集成分子对接方法 龚新奇?, 刘斌?, 常珊，李春华, 陈慰祖, 王存新* 北京工业大学生命科学与生物工程学院, 北京 100124 摘要 蛋白质分子间相互作用与识别是当前生命科学研究的热点, 分子对接方法是研究这一问题的有效手段. 为了推进分子对接方法的发展, 欧洲生物信息学中心组织了国际蛋白质复合物结构预测(CAPRI)竞赛. 通过参加 CAPRI 竞赛, 逐步摸索出了一套用于蛋白质复合物结构预测的集成蛋白质-蛋白质分子对接方法 HoDock, 它包括结合位点预测、初始复合物结构采集、精细复合物结构采集、结构成簇和打分排序以及最终复合物结构挑选等主要步骤. 本文以最近的 CAPRI Target 39 为例, 具体说明该方法的主要步骤和应用. 该方法在 CAPRI Target39 竞赛中取得了比较好的结果, 预测结构 Model 10 是所有参赛小组提交的 366 个结构中仅有的 3 个正确结构之一, 其配体均方根偏差(L_Rmsd)为 0.25 nm. 在对接过程中, 首先用理论预测和实验信息相结合的方法来寻找蛋白质结合位点残基, 确认 CAPRI Target 39 A 链的A31TRP 和 A191HIS, B 链的 B512ARG 和 B531ARG 为可能结合位点残基. 同时, 用 ZDock 程序做不依赖结合位点的初步全局刚性对接. 然后,