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MEGA3 指南 一、前言 MEGA 系列软件用于检验和分析DNA 、蛋白质序列的演化。MEGA1 是基于20 世纪 90 年代早期个人计算机平均水平设计的，在DOS 操作系统下运行。90 年代晚期开发的 MEGA2 加强了运算能力和图形界面，满足了日益增长的大数据量分析的要求；MEGA2 的 最终版本能对多个序列数据进行分析、对类群内和类群间的遗传多样性进行估计，还可以推 断高等级水平的物种、基因的演化关系。MEGA2 内嵌了很多用于估计演化距离、计算类群 内和类群间分子序列和遗传多样性、以及最小演化和最大简约标准下推断系统发育关系的方 法。此外，MEGA2 内还可以对系统发育关系进行自展和可靠性置信概率（confidence probability）检验、以及确定世系间替代模式异质性分散指数（disparity index）。 MEGA3 强调了序列获得和演化分析的整合；该软件允许多种格式数据输入，用户可以 在多个窗口检视结果，进行序列数据的操作和编辑、系列比对和系统发育关系树推断，并进 行演化距离估计。结果输出窗口（results explorers ）允许使用者进行浏览、编辑、总结和 输出结果。MEGA3 还包括距离矩阵、系统发育关系展示窗口（explorers），以及一些用于 直观呈现输入数据和输出结果的高级图形模块。 MEGA3 旨在降低日常数据分析时间，并提供一种便