国内新型鸭肝炎病毒基因组3′末端的序列特点 (1).pdfVIP

维普资讯 中国农业大学学报 2008，13(4)：65—7O JournalofChinaAgriculturalUniversity 国内新型鸭肝炎病毒基 因组 3末端 的序列特点 潘 梦 付 余 王笑言 徐永亮 杨汉春 张大丙 (中国农业大学 动物医学院／农业部预防兽医学重点开放实验室 ，北京 100193) 摘 要 为揭示国内新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组 3末端的序列特点，用 3RACE和 RT～PCR克隆DHV分离株 C—GY株 的基 因组 3末端序列，并 以GenBank中已知全序列的22株 DHV作为参照，进行比较分析 。结果表 明，c～ GY株基 因组3末端包含 1359nt的3D、终止密码子TAA、366nt的3UTR和 15nt的 poly(A)。与其他 DHV相 同之处：C—GY的3D蛋 白含 453个氨基酸，亦包含小RNA病毒 RNA聚合酶的5个特征基序 。c—GY 的3uTR长 度与台湾新型 DHV相 同，仅 比韩 国新型缺少 1个C，但 比DHV血清 1型(DHV一1)长 52nt。分析 3D和3UTR核 苷酸序列 ，可见 C—GY与 16株 DHV 1之 间 同源性为 75 ～77 和 66 ～68 、与 2株 台湾新型 DHV之 间为 8O％和 91 、与 4株韩 国新型之间为 96％～97 和 96％～97 ，表 明C—GY与韩 国新型 DHV具有相近的遗传关 系，C—GY株与本实验 中参考 DHV属于小 RNA病毒科 的同一个未命名的新属 ，而且 C—GY属于 DHV 的基 因c 型 ，也说 明新型 DHV与 DHV 1的基 因组 3末端存在较高的序列变异性。 关键词 鸭肝炎病毒 ；新血清型；基 因型；3D基 因；3非翻译区 中图分类号 S852．65 文章编号 1007—4333(2008)03-0065-06 文献标志码 A Characteristicsofthe3endsequence ingenomeof anew serotypeofduckhepatitisvirusisolatedfrOm China PAN Meng，FU Yu，WANG Xiao—yan，XU Yong—liang，YANG Han—chun，ZHANG Da—bing (KeyLaboratoryofPreventiveVeterinaryMedicineofMinistryofAgriculture~Collegeof VeterinaryMedicine，ChinaAgriculturalUniversity，Beijing1O0193，China) Abstract Theaim ofthisresearchwastoanalyzethe3endsequencecharacteristicsingenomeofanew esrotypeofduck hepatitisvirus (DHV)．Theauthentic3endsequenceingenomeofChinees isolateC-GYwasobtainedbyusing3RACEand R PCRtechniquesandcomparedwiththoes ofotherDHV strains．Theanalysisshowedthat3endsequencesinC-GYgenome include3Dregionof1359nucleotides (nt)，theterminatorcodonTAA，3 untranslatedregion(UTR)of366nt，andthepoly (A)tailof15nt．LikeotherDHVs，thededucde 3D proteinof453aminoacidsofC-GYcontainedthefivemotifscharacteristi