玉米基因组和基因家族-程备久.pptVIP

一、基因家族的特征分析 二、基因家族的进化分析 三、基因表达模式分析 四、基因家族调控网络分析 五、重要基因和调控元件的发掘 基因家族的主要研究方向 GRMZM2G087094_P01 Cell_envelope GRMZM2G090087_P01 Energy_metabolism GRMZM2G313184_P01 Cell_envelope 四、基因家族的基因作用网络和关联性分析 一、基因家族的特征分析 二、基因家族的进化分析 三、基因表达模式分析 四、基因家族调控网络分析 五、重要基因和调控元件的发掘 基因家族的主要研究方向 HD-Zip基因家族可以分为四个亚族(I-IV)，各个亚族执行不同的生理功能； 亚族I成员主要参与干旱、高盐、脱落酸、渗透调节等各种极端环境胁迫反应。 水稻、玉米和拟南芥同源异性亮氨酸拉链(HD-Zip) 基因家族的进化比较 (Zhao et al., 2011, PLoS one). ATHB7，ATHB12能显著 提高拟南芥干旱忍耐力。 发现一个单子叶 植物特异性亚族。 五、重要基因和调控元件的发掘 1.重要基因和调控元件的发现 根据进化和已知功能发现重要基因 Lr10 ZmNBS56 CNL ZmNBS51 CNL ZmNBS70 CNL ZmNBS92 NL 100 96 58 Wheat (T. aestivum L.) Puccinia triiticina （小麦叶锈病菌） Pc-B Pc-A Pc-C ZmNBS55 CNL 100 100 100 92 ZmNBS72 CNL ZmNBS98 NL Sorghum Periconia circinata 根茎腐病真菌 分别从玉米高抗南方锈病和茎腐病自交系齐319中克隆了ZmNBS56和ZmNBS55两个目标基因 NBS类抗病基因进化分析 根据表达谱发现重要基因和特异调控元件 全基因组芯片扫描能 初步提供基因家族 成员的表达模式。 荧光定量PCR更加准确的分析候选基因在特定组织或环境中的表达模式。 √ √ √ √ Zmhdz9, -12, -6和-4在 干旱诱导下表达显著上调,与 ATHB7和-12表达基本一致 在特定器官或组织部位表达的基因，往往具有发育调节的特异性，对其启动子功能分析能够发现一些重要的调控元件。 非生物胁迫反应基因在其启动子区域存在多个胁迫应答元件，如：ABRE、DRE、LTRE。 WRKY转录因子是植物中一类重要的转录因子，前期研究中，我们在玉米中发现一个基因的表达受干旱、低温及高盐的调控。 亚细胞定位分析发现WRKY62定位于细胞核中。 WRKY62在酵母中具有转录激活特性。 2. 重要基因和调控元件的克隆与功能分析 重要基因的克隆及功能验证 过量表达WRKY62基因能显著提高水稻的抗逆性。 同源克隆法获得的玉米SKIP基因显著提高玉米抗旱性。 旱胁迫 图2 不同长度5’端缺失载体图 图3 筛减片段启动子的转基因株GUS组织化学染色 1为叶片；2为茎；3为根；4为颖壳；5为胚乳 ◆根特异启动子发掘 (2) 调控元件的克隆及功能分析 克隆的玉米PAB5 花粉特异性启动子 目前克隆的部分功能基因和调控元件 超过30个 例如: 基因名称 类型 功能 ZmWRKY62 ZmWRKY32 Zmhdz12 ZmNPR1 ZmNBS55Q ZmSKIP ZmSub1 ZmP-Leg ZmP-PIP5K ZmP-PAB5 ---------------- 功能基因 功能基因 功能基因 功能基因 功能基因 功能基因 功能基因 调控元件 调控元件 调控元件 ------------ 非生物胁迫应答 非生物胁迫应答 干旱胁迫应答 生物胁迫应答 生物胁迫应答 干旱胁迫应答 抗涝应答 愈伤特异性 根尖特异性 花粉特异性 ----------------- Lin et al., 2011, BMC Genomics Zhao et al., 2011, PLoS ONE Cheng et al., 2012, FEBS J Peng et al., 2012, PLoS ONE Qian et al., 2011, Plant Cell Rep Zhao et al., 2011, PCTOC Gan et al., 2010, Mol Biol Rep Li et al., 2010, Plant Syst Evol Cheng et al., 2010, Genet Mol Biol Liu et al., 2010, Plant Grow Regul 共发表SCI论文26篇 建立玉米基因家族网站 感谢团队所有成员! *