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Mothur使用介绍 （1）
——OTU的确定
杨海水
（浙江大学 ）
QQ：544834661
E-mail: yanghaishui@
2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 1
第一步：进入主页面，点“Manual”
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第二步：OTU-based approach
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对于初学者，必须对照
Manual一步步进行操
作，因为mothur所运行
的Dos系统对大多数生物
学科研工作者都很陌
生，需慢慢掌握
2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 4
如何在dos环境下运行mothur?
• (1) 文件准备：将目标序列保存为fasta格式；
• (2) 将mothur.exe与x.fasta放在同一文件目录下：
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(3) 打开mothur:
2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 6
(4) 调用dist.seqs指令，产生距离矩阵；
calc以不同方式处理
gap:onegap指把所有把对
偶排列中出现的所有连续
缺失的碱基当做一个
gap;nogap按实际缺失的碱
基数对待；默认为onegap;
countends: 用以处理末端
gap的罚分，=F,指对末端
gap不罚分；=T指对末端
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