基因簇的生物信息学分析设计.docxVIP

南京邮电大学本科生毕业设计（论文）南京邮电大学毕业设计（论文）题目miR-430基因簇的生物信息学分析专业生物医学工程学生姓名王凯班级学号导教师李小慧评阅教师指导单位地理与生物信息学院日期： 2013 年 3 月 1 日至 2013 年6 月 1 日毕业设计（论文）原创性声明本人郑重声明：所提交的毕业设计（论文），是本人在导师指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已注明引用的内容外，本毕业设计（论文）不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本研究做出过重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明并表示了谢意。论文作者签名：日期：年月日摘要microRNAs (miRNAs) 是由基因组非蛋白质编码序列编码的一类小RNA(19-24 nt)，miRNA与靶基因的转录产物互补结合，导致mRNA降解、翻译抑制, 调节靶基因的表达。miRNA对动植物的生长、发育等各种生命活动发挥着至关重要的调节作用。通常多个miRNA基因在染色体上聚集排列形成miRNA基因簇，这些 miRNA 基因簇在不同物种中有较高的保守性，miRNA 基因簇在功能上比单个miRNA的作用更高效，对 miRNA基因簇进行研究，有利于深入了解 miRNA 所参与的复杂调控网络。miR-430基因簇最早在斑马鱼中被发现，是目前已知的最大的miRNA基因簇之一。miR-430簇分布在斑马鱼4号染色体上约20kb的一个区域内，三个miRNA（mir-430a,c和b）组成了三联体，并以此为基本单元进行复制。miR-430在早起胚胎发育中丰度最高，通过抑制和降解母源基因在母源调控向合资调控的转换过程中起到重要作用。本课题主要开展miR-430基因簇分子进化分析研究。主要的步骤：从miRBase数据库中获得数据，即已知的mir-430基因的成熟序列。根据斑马鱼、青鳉、红鳍东方鲀等物种的mir-430基因的成熟序列通过同源性对比的方法在所有动物物种中进行搜索，利用 BLAST软件进行相似性比较的分析。利用CLUSTALW软件进行渐进的多序列比对。利用MEGA 4.1软件，以mir-430基因簇中的mir-430成员成熟序列构建系统进化树。本课题的目的主要是根据miRNA基因在物种间的保守性，利用生物信息学同源性搜寻、对比的方法，探讨miR-430 基因簇的分子进化规律，揭示 miR-430基因簇的起源及相关物种的进化关系，为其调控网络的研究提供理论基础。关键词：MIR-430、NCBI、Blast、ClustalW、MEGA 4.1ABSTRACTmicroRNAs (miRNAs) are a class of small non-protein coding sequence encoded by the genome RNA (19-24 nt) miRNA target gene transcripts complementary binding, leading to mRNA degradation, translational repression, regulate expression of target genes. miRNA growth, development and other activities of life on plants and animals play a crucial regulatory role. Usually multiple miRNA genes are arranged to form miRNA gene cluster on chromosome gathered, these miRNA gene clusters were conserved in different species, miRNA gene clusters are functionally more efficient than a single miRNA miRNA gene cluster study , is conducive to the understanding of miRNA involved in complex regulatory networks. miR-430 gene cluster was first found in zebrafish, is the largest known miRNA gene cluster one. miR-430 cluster located within an area of about 20kb zebrafish chromosome 4, three miRNAs (miR-430a, c and b