等位基因群体遗传学统计全攻略个人经验总结.docVIP

等位基因群体遗传学统计全攻略---个人经验总结 最近费了很多功夫在等位基因的群体遗传学统计上钻研了一番,特别对短***重复序列的等位基因多态性分析方面,本人在网上下载了N个软件和表格，现将等位基因频率，多态信息量，非父排除率和Hardy-Weinberg平衡分析的具体步骤和方案总结如下，希望对大家能有所帮助。1，??所用的软件??Mstools，Arlequin3.01，PowerStatsV12.xls2，??统计步骤：a)??数据收集，等位基因按照群体和等位基因座位制表，如下：??D21S1433??　??D21S1442????D21S1444????D21S2051??Popone1??166??174??134??142??202??206??155??155Popone2??170??170??138??138??198??206??155??155Popone3??154??166??122??134??202??210??155??155Popone4??154??166??122??134??202??206??155??155Popone5??170??170??138??138??????155??155Popone6??158??162??126??130??????151??155Popone7??158??166??126??134??????155??155Popone8??170??178??138??146??202??210??155??155Popone9??158??166??????202??214??155??155上表中横坐标为等位基因位点，（本人研究的是STR位点），纵坐标为人群及样本编号，人群1我标为Popone，样本编号1，2，3。。。。，中间是各个样本等位基因的bp数。b)??所有数据输入完毕后，点击工具—microsatellite---microsatellite toolkit---Diploid two column format.(如果你的等位基因的输入格式为上下排列，则选择Diploid one column format),然后核对和修改你的样本数量和群体数，点击分析，点击OK。?? c)??分析完毕后，您的Exel表格会出现等位基因的频率，多态信息量（PIC）和杂合率的简单计算。d)??在您选择输出格式的时候，有一个Arlequin的选项，您选择之后，软件会自动生成一个Arlequin的exel文件，将其另存，手工在文件名后加.arp，然后保存即可。e)??打开Arlequin软件，打开你刚才保存的以.arp为结尾的文件，在设置里选择H-W分析，然后点击start开始分析，f)??软件会自动生成一个http文件，给出各个等位基因型的H-W平衡吻合检验的P值。g)??整个分析过程完成，如果你想做表格的话，那我强烈建议你使用PowerStatsV12.xls这个超级傻瓜型分析软件，你下载后打开就知道怎么作了，把你的数据贴到相应位置，剩下的工作就是点击其他的表格就可以了，所有结果都在那里面拉。以上提到的软件最好用英文搜索比较容易，如果夹杂中文，则很难找到下载地址。 等位基因群体遗传学统计全攻略.doc (85.0k) 楼主，向你请教一下！Arlequin软件里面好象没有Diploid这个选项，我记得好象是Genotype与Haplotype选项吧！ 我用的popgene3.2作的分析。 好贴!我做的课题下一步正好可能用到,先把它收藏!作为参考指导! 很好的帖子 谢谢你的帖子，最近我也在学习此方面的内容 非常有用!我还琢磨人家做SNP的可用公式算，做微卫星那么多种基因型怎么分析呢？刚好看到楼主的帖子，只要把数据输进去就可以算出来了？我马上要用这种分析了不明白的地方还要请教楼主！谢谢 看到能够帮到大家，很开心，时隔一年后再看我的帖子，发现了些问题需要进一步说明，就是第2步骤的b)选项是要安装Mstools后才能在excel表中工具选项栏中看到，我个人认为这个软件的主要功能就是可以将一般的表格数据转换成Arlequin软件识别的数据。