第十一章金属有机框架吸附及分子模拟研究.ppt

比表面积 吸附平衡 吸附动力学与传质 吸附分离过程 计算机分子模拟的发展历史 常用系综 微正则系综 (microcanonical ensemble) 正则系综 (canonical ensemble) 巨正则系综 (grand canonical ensemble) 等温等压系综 (isothermal-isobaric ensemble) 力场简述 分子的总能量为动能与势能的和，分子的势能通常可表示为简单的几何坐标的函数。 复杂的分子的总势能一般可分为各类型势能的和，这些类型包括： 总势能=键伸缩势能+键角弯曲势能+二面角扭曲势能+非键结势能+库仑静电势能+交叉项 势能项习惯用以下符号表示： 各项表示 Estr : 伸展能 Ebend : 弯曲能 Etor : 扭转能 Evdw : 范德华能 Eel : 静电势能 Ecross : 前三项的耦合能 获得势能函数参数途径： 实验数据拟合：如汽液相平衡、粘度等。 Ab Initio计算 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 化学方法从对象研究尺度上大体可分为 量子力学( quantum mechanics, QM ) 分子力学( molecular mechanics, MM ) 统计力学( statistical mechanics) 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 量子力学是描述电子行为的数学方法, 即对电子-原子 核体系采用Schro ding er 方程解的波函数来描述, 理 论上它可精确预测单个原子或分子的任何性质 因此研究人员为了描述复杂体系的主要特性,已开发出 量子力学的一些近似方法, 如从头计算方法( ab initio ) 密度泛函方法( density functional theory, DFT ) 等 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 分子力学是在原子、分子水平上对所研究体系进行描 述的一种非量子力学方法, 其基本思想是用经典牛顿 力学寻找分子平衡构型和能量。由于分子力学方法忽 略电子的结构和运动, 把体系能量看作仅仅是原子核 坐标的函数, 因此它可以用于计算包含有大量原子的 复杂体系, 而且比量子力学方法所耗费的时间要少很 多。 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 分子力学方法核心和基石是分子力场, 它是包含了键长、 键角、二面角变化等内部能量项以及非键相互作用等外 部能量项的一种势能函数, 其力场参数可通过拟合相关 实验数据和量子力学计算结果来获得。 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 该方法不仅被大量用于复杂分子的构象搜索和热力学 分析, 而且也是分子模拟方法的基础。由于分子力学 方法不能提供和电子分布相关的性质, 因而当所研究 的体系涉及化学键的形成与断裂等问题时, 该方法是 无能为力的。 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 量子力学与分子力学( QM/ MM) 联用方法 , 对于体 系中涉及/ 化学问题的活性部位( QM 区域) 采用量子 力学方法描述, 而对于体系中其他/ 物理问题部位 ( MM区域) 使用分子力学方法来计算。QM/ MM 方法 既保证了结果的可靠性, 又简化了计算, 因此在凝聚态 反应和生物大分子等方面得到了非常广泛的应用。 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 统计力学是研究大量原子或分子聚集体宏观运动规律 的一种计算化学方法, 它通过计算分子间的微观相互 作用, 对大量分子的运动行为进行统计平均, 从而获得 所研究体系的宏观性质 计算方法可分为理论方法和分子模拟方法 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 分子模拟方法是从统计力学原理出发, 基于分子力场, 在原子水平上建立分子模型并借助于计算机来模拟 大量分子的结构与行为, 进而研究体系的各种物理化 学性质 第三节 金属有机框架材料吸附及分子模拟 Monte Carlo ( MC ) molecular dynamics, (MD) 有关MOF的计算 1. Quantum mechanics calculations for MOFs (1) MOF Lattice constants and geometries 晶格常数和几何构型 (2) elastic properties and dynamics 弹性和力学 (3) atomic point charges 原子点电荷 (4) molecular physisorption interaction 分子物理吸附作用 第三节 金属有