关于上报高通量基因 的测序技术临床应用试点单位的相关工作.doc

关于上报高通量基因测序技术临床应用试点单位的相关工作 2、实验室基本情况，包括技术力量、设备实施条件、开展相关业务规模等。（请艾迪康协助完善） 2.1 仪器设备实施条件 目前我实验室具有高通量测序相关的所有设备仪器：高通量测序仪Ion Proton?、Ion OneTouch 2 、Ion OneTouch ES、ABI实时定量PCR仪、梯度PCR仪、可控温高速离心机、超微量核酸检测仪、全自动核酸提取仪、超纯水系统、多模块可触屏金属浴等。 Ion Proton? 平台是一种利用半导体微芯片技术的台式高通量测序仪，体积如办公室打印机般大小。 Ion Proton?有两种通量的测序芯片灵活可选，分别是10G、100G，适合不同通量需求的应用，该测序仪的半导体芯片上布满了高密度的小孔，每一个小孔就是一个测序反应池，孔底部带有一种探针-离子选择性场效应晶体管（ISFET），用来探测PH值的变化。进而把化学信号直接转化为数字信号，最终读出DNA序列。与其它新一代测序仪相比，Ion Proton? 平台不需要激发光、CCD成像仪及荧光标记，可最大程度地简化处理高通量系统生成的数据所需的计算硬件，能直接并快速“读”出DNA序列，具有简单、快速、准确、灵活和低成本等显著优势，是中等规模测序项目的最佳选择。 Ion Proton?使用半导体测序芯片，反应微孔数不小于16亿，研发中的Ion ProtonTM Ⅱ的反应微孔数则不小于66亿。此外，Ion ProtonTM芯片上独特的流体体系、微体系机械设计和半导体的技术组合，可以快速直接的将遗传信息翻译成数码的DNA 测序结果，进一步得到高质量的测序数据，它可以在一天之内测定一个人的全基因组。 2.2专业技术 2.2.1 测序样品前处理技术——自主研发的专利技术 样品处理需要排除外来基因的干扰，有效的提取出极微量的DNA片段，经我公司自主研发出的血液游离痕量DNA提取系统纯化系统与检测系统，该系统检测所需样品量少，最低可提取出0.2ml浓度为血液样品的DNA，提取纯化用时短，且纯度高，重复性好，提取仪器设备和耗材所占体积小，所需空间小，除可应用于固定实验室外，也可配备在移动检测车上作为快检使用。 该血液游离痕量DNA提取系统采用超吸附性纳米颗粒，利用纳米该技术对其表面进行改良和表面修饰后，制备成超吸附性氧化硅纳米晶珠，将分离的核酸吸附收集到晶珠上。DNA富集的方法主要有磁珠法和离心柱法。磁珠法的核心是将细胞中游离出来的核酸分子吸附到磁性颗粒表面，蛋白质等杂质不被吸附而留在溶液中。在磁场作用下，使磁性颗粒与液体分开，回收颗粒，再用洗脱液洗脱即可得到纯净的DNA。离心柱法是将树脂或硅胶膜固定在离心管中，在高盐低pH值条件下，DNA选择性吸附于离心柱内的树脂或膜上，通过漂洗、离心等步骤，去除蛋白和多糖杂质，最后用低盐高pH值的洗脱缓冲液将DNA从树脂或硅胶模上洗脱。 本研发采用特有的纳米晶珠方法，不需要经过磁场处理，也不用特别制作的离心柱，操作简便省时。该项技术是采用的国际先进的技术理念，并且由我公司研发团队在国际先进技术基础上自主设计配制的，是国际国内未有的创新的技术，经该技术改良的晶珠的表面结构也是国内外未有的设计方案。 该检测系统的的先进技术使得其特异性好、灵敏度高等一系列优点，打破了从前的瓶颈问题，此外，其操作简便易行，无需特殊昂贵的仪器设备耗材等，也使其成本大大降低，所以本技术所产生的商业化产品更容易被市场接受。 2.2.2 构建文库、样品处理及测序分析 从项目确立，需要找到各项目中关键的作用基因及个体的共性和差异，并对该基因进行详细分析比对，并建立相应的文库。根据需要可构建得文库有基因文库、基因组文库、cDNA文库等，从DNA的制备到切割到连接重组等都需要准确严格操作，以得到高质量的文库。之后油包水PCR以使文库与测序珠子相连，最终将文库模板富集，整个实验程序技术要求颇高，需要具有扎实的实验基础、精准的专业技术水平。 对于各基因测序项目的数据和结果分析，需要预先构建模型，在实验及分析比对的结果中，确立最终分析板块。对于高通量测序仪的数据分析，需要专业精准的软件系统及数据模型。 该技术团队均是生物相关专业和生物信息学专业出身，实验能力级专业技术水平完全可满足该相应技术难度及精度的要求，且经过专业测序培训，有着丰富的构建文库、基因测序及数据分析的宝贵经验。 2.3 技术团队 专业研发人员25名，其中核心专家10名博士均由美国一流的生物、医药制药专家和生物化学专家组成，具有硕士学位以上生物学、微生物学、生物化学、医学等相关学科的科技人员8-10人，以及5-7人的具生物学、化学、医学或药学学士学位以上的质检和质控工作人员。 项目负责人程澎博士，男，出生于1964年，教授，曾在