基于异质网络的长非编码RNA和蛋白质相互作用的预测算法研究.pdfVIP

第３４卷第３期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ３４Ｎｏ．３ ２０１７年３月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｍａｒ．２０１７ 基于异质网络的长非编码ＲＮＡ和蛋白质 相互作用的预测算法研究 郑肖雄　朱文琰 （复旦大学计算机科学技术学院智能信息处理重点实验室　上海２００４３３） 摘　要　　长非编码ＲＮＡ在生物过程中扮演着非常重要的角色，长非编码ＲＮＡ可以与多种蛋白质结合发挥其 生物功能，预测长非编码ＲＮＡ和蛋白质的相互作用也成为了研究长非编码ＲＮＡ功能的途径之一。由于长非编 码ＲＮＡ的低保守性，通过提取特征和用机器学习算法预测它和蛋白质之间的相互作用将会不太合适。ＬＰＨｅｔｅＳ ｉｍ算法是一种基于对称路径随机游走的方法，它可以衡量异质长非编码ＲＮＡ和蛋白质相互作用网络中两者的 相关性。在导质网络中，ＬＰＨｅｔｅＳｉｍ算法可以有效地预测两者的相互作用，实验结果验证了算法的有效性。 关键词　　长非编码ＲＮＡ和蛋白质相互作用　随机游走　异质网络 中图分类号　ＴＰ３　　　　文献标识码　Ａ　　　　ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００３８６ｘ．２０１７．０３．０４１ ＲＥＳＥＡＲＣＨＯＮＰＲＥＤＩＣＴＩＯＮＡＬＧＯＲＩＴＨＭＦＯＲＬＮＣＲＮＡＰＲＯＴＥＩＮＩＮＴＥＲＡＣＴＩＯＮＳ ＢＡＳＥＤＯＮＨＥＴＥＲＯＧＥＮＥＯＵＳＮＥＴＷＯＲＫ ＺｈｅｎｇＸｉａｏｘｉｏｎｇ　ＺｈｕＷｅｎｙａｎ （ＳｈａｎｇｈａｉＫｅｙＬａｂｏｆＩｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＰｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ，ＦｕｄａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２００４３３，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　ＬｏｎｇｎｏｎｃｏｄｉｎｇＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）ｐｌａｙｓａｋｅｙｒｏｌｅｉｎｂｉｏｌｏｇｉｃａｌａｎｄｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌｐｒｏｃｅｓｓｅｓ．ＬｎｃＲＮＡｃａｎ ｈａｖｅｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｗｉｔｈｍｕｌｔｉｐｌｅｐｒｏｔｅｉｎｓ，ｔｈｅｒｅｆｏｒｅｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇｌｎｃＲＮＡｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｃｏｍｅｓｔｏｂｅｏｎｅｏｆｔｈｅｗａｙｓｔｏ ｓｔｕｄｙｔｈｅｆｕｎｃｔｉｏｎｓｏｆｌｎｃＲＮＡ．ＢｅｃａｕｓｅｏｆｔｈｅｌｏｗｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎｏｆｌｎｃＲＮＡ，ｔｈｅｍｅｔｈｏｄｓｏｆｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇｌｎｃＲＮＡｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｂｙｕｓｉｎｇｍａｃｈｉｎｅｌｅａｒｎｉｎｇａｌｇｏｒｉｔｈｍｓｗｉｔｈｅｘｔｒａｃｔｉｎｇｔｈｅｆｅａｔｕｒｅｓｏｆｌｎｃＲＮＡａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｍａｙｂｅｎｏｔｆｉｔ ｅｎｏｕｇｈ．ＬＰＨｅｔｅＳｉｍａｌｇｏｒｉｔｈｍｉｓａｍｅｔｈｏｄｂａｓｅｄｏｎｐａｉｒｗｉｓｅｒａｎｄｏｍｗａｌｋｗｈｉｃｈｃａｎｍｅａｓｕｒｅｔｈｅｒｅｌｅｖａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎ ｌｎｃＲＮＡａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｈｅｌｎｃＲＮＡｐｒｏｔｅｉｎｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓｎｅｔｗｏｒｋ．Ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｄｅｃｒｅａｓｅｔｈｅｎｏｉｓｅｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｎｅｔｗｏｒｋｓ，ｗｅｕｓｅｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｎｅｔｗｏｒｋｆｕｓｉｏｎ（ＳＮＦ）ａｌｇｏｒｉｔｈｍｔｏｆｕｓｅｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｎｅｔｗｏｒｋｓｕｎｄｅｒｄｉｆｆｅｒｅｎｔｍｅｔｒｉｃ ｔｏｇｅｔｈｅｒ，ａｎｄｒｅａｃｈａｂｅｔｔｅｒｒｅｓｕｌｔ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　　ＬｎｃＲＮＡｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ　Ｒａｎｄｏｗｗａｌｋ　Ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓｎｅｔｗｏｒｋ ［４］ 沉默 ，基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录 ０　引　言 干扰和核内运输等多种重要的生物过程。此外，长非