实验八 蛋白质结构.doc

实验八、蛋白质的结构（3学时） 目的：了解分子三维结构的重要性，了解如何进行蛋白质的二级结构预测以及发现与自己的蛋白序列最适合的三维模型，学会运用结构浏览软件对生物大分子的结构进行观察。 内容：预测一个蛋白质序列的二级结构，从PDB站点检索并显示相应分子的三维结构，对蛋白质序列的三维结构进行猜测，观察蛋白质的三维结构及其序列特性。 蛋白质序列的二级结构预测 蛋白质的二级结构预测已取得了巨大的成就。如今，利用Hidden Markov Models and neural networks方法，一些相当好的网上服务器可以对你感兴趣的任意一个蛋白质序列的二级结构进行准确的预测（注意：如果你的蛋白质与现有数据库中的记录有足够的同源性，就可以认为其二级结构的预测有近80%的准确性。但是，记住这只是个预测，与其它的预测一样，它们的准确性与估计值是有出入的）。我们以PSIPRED为例（预测最准确的服务器之一）来进行蛋白质二级结构的预测。 将你感兴趣的蛋白质序列以FASTA格式存储于一个.txt文件中。（比如NP_360043） 进入由 Bioinformatics Unit of University College in London (UK)维护的蛋白质结构预测服务器 HYPERLINK http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ . 点击页面下方的Click Here to Access the Server链接。 将你的E-mail address 填在新出现的输入表格页面的上部相应字段里（服务器将结果以E-mail的形式返回给用户）。 将你的蛋白质序列粘贴到Paste PROTEIN Sequence Here窗口中（注意：此处不需要FASTA 格式的头部注释行）。 你可以在序列窗口下方的字段中为此次预测（你的序列）起个短名。 点击Predict。如果事情顺利，则会跳出一个新页面通知你的预测工作已被提交，结果会发送到你所提供的E-mail帐号中。同时还会给你报出一个工作完成的大致时间。 缺省条件下，服务器执行二级结构预测方法，即PSIPRED。当然，如果你有时间，可以选择其它的三种预测方法：一种预测跨膜片段的方法以及两种识别折叠的方法。 查看由psipred$.ucl.ac.uk发回的预测结果（你的e-mail，如果收不到，请参看实验数据-实验八中的message from PSIPRED.doc文件中查看）。这是一个简单的文本文件，除你的序列外还有两行额外的信息，它们与序列的每一列一一对齐。 Conf（The confidence）行：由0到9的数字组成，表明了每个位置预测构造的可靠性（9为高0为低）。 Pred(The predicton)行：由H、E和C三种特性组成，显示了每一个残基预测的构造。H=Helical, E=Extended, C= Random coil。 Note: There are three types of local segments: Helices: Where residue seem to be following the shape of a spring. The most common are the so-called alpha helices. Extended or Beta-strands: Where residues are in line and successive residues turn their back to each other Random coils: When the amino-acid chain is neither helical nor extended. 除此之外，PSIPRED还创建了一个便于发表使用的图形显示的结果。你可以在你的PSIPRED E-mail的末端发现这样的内容： Calculate PostScript, PDF and JPEG graphical output for this result using http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/cgi-bin/psipred/graphics/nphview.cgi?id= 点击此处的链接，你就可以进入PSIPRED结果页面，它提供了三种不同格式的图形文件供你下载：PostScript File, PDF File and JPEG page. 由于我们的机子已经安装了Acrobat Reader，因此可以直接点击相应的链接（注意，预测的图形文件在原服务器上的保存时间只有一天左右，如果不能找到相应页面，则可以使用实验数据-实验八中的NP——3600