如何使用mega50 和clustalx183 构建进化树.pdf

如何使用MEGA5.0 和Clustalx1.83 构建进化树 MEGA 是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1 版本到后来的4.0 版本一直 都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0 版本。功能比以前多有改进。现主要介绍使用Mega 5.0 构建系统进化树的方法。供大家参考。 用MEGA 构建进化树有以下步骤： 1、测序： 将克隆扩增测序得到的16S rDNA 序列进行测序。 2、NCBI 上做Blast 从/blast/Blast.cgi 找到相似度最高的几个序列，确定一 下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得 到的就是Blast 到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta 格式文 件）下载下来，或点击GenBank 登录号，复制FSATA 格式，整合在一个*.txt 文档中（单独 建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如： XXXX AGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTA GGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGAATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGG gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAAT ACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGT TGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA…… 参考序列选择注意事项： ① 不选非培养(unclutured)微生物为参比； ② 不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考； ③ 在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种； ④每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序 列。 3、 使用clustalx1.83 进行序列比对： 打开压缩文件clustalx1.83，运行其中的clustalx.exe 文件，如图： 点击File/load sequences，将整理好的*.txt 序列文件导入clustalx1.83，如图： 接着点击Alignment/Do Complete Aligment： 程序自动运行，得出结果，自动输出*.aln 和* .dnd 为后缀的两个文件，并自动存入你 *.txt 文件所在的文件夹内。 序列比对也可以直接用MEGA 来做。 4、运行程序MEGA 5.0， 如下图所示： 点击：File 导入Clustal 程序得到的*.aln 文件。再点File/Convert to MEGA Format， 打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal 对比分析后所产生的*.aln 文件，转换 为*.meg 文件。转换时一路确认相关界面。最后查看meg 序列文件最后是否正常，命名新文 件存盘保存*.meg 文件，*.meg 文件会和aln 文件保存在上述*.txt 同一个文件夹中。 5、 关闭转换窗口，回到主窗口， 现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的*.meg 文件： 如果为核酸序列，选择“Nucleotide sequence”，点击“OK”，得到以下图示： 选择默认的Standard，点击OK 后，如图所示： 点击程序中的 ，可以得到下图： 在另外一个窗口内，出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标， 可对所选择的序 列进行编辑，完成后点击close 即可： 在另外一个窗口内，出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标， 可对所选择的序 列进行编辑，完成后点击close 即可： 序列编辑完成后，可进行保存，点击保存后出现以