esypred3d蛋白质三级结构预测 摘要： esypred3d是比利时的namur .docVIP

ESyPred3D蛋白质三级结构预测ESyPred3D是比利时的Namur大学Moleculor Biology Reaserch Unit的成员Christophe Lambert 和Eric Depiereux创建的。 ????? ESyPred3D是一个自动的蛋白质三级结构同源建模程序，它的序列比对策略采用性能不断增长的新神经网络算法，对几个序列比对程序的结果进行综合，衡量和筛选以获得比对序列。最后三级结构的构建应用建模包MODELLER.可选择应用的的比对算法有三种neural net and new screening(神经网络和新筛选)，neural net(神经网络)和frequency table(频数表)。 ???? ESyPred3D在目标-模板比对这一步做出的结果较好,且在预测序列与模板序列相似度差时有较好的模型预测效果。 ESyPred3D的使用流程进入ESyPred3D主页面? ? 1.提交序列 首先在第一个文本框里输入你的电子信箱地址，返回结果将以电子邮件的形式发送到你的邮箱里。 第二步可在第二个文本框里输入一行字，这将作为返回电子邮件的名字。这一项可选。 第三步便是提交你要预测的蛋白质的一级序列。它提供了两种方式，一种是以文本文件的形式上传；另一种是在如图所是的对话框中贴入，如果发现填入的内容有误，可以点击CHLEAR INPUT清空。 2. 高级参数和输出结果 对于作为结果发送的邮件，里面的这些输出结果在网页上全部是可选的。如下图： 高级参数项也全部可选，可以指定你认为合适的PDB模板，形式须是xxxx_y；xxxx是PDB蛋白质编号，y是蛋白链编号，还可以指定不要应用的模板，形式须是xxxx，xxxx是PDB蛋白质编号。 对于OUTPUT项也全部是可选项 对可选输出结果的说明：1.Summary of results 在邮件中对结果进行简要的说明 2.PDB format 显示PDB模板 3.PFRMAT format 在邮件中给出附件.PFRMAT文件，其中包括对预测步骤的简单说明和预测出的模型的原子坐标信息。4.PIR target-template 额外搜索PIR数据库进行目标模板比对。5.Compress files using base64 (better for attach files)用base64压缩文件，对于附件较好。 　 如果全部不选输出结果中只有预测蛋白质三结构的PDB文件和序列比对文件.ali文件。 3.最后是选定算法 算法项的选择是一个下拉框,从中选择你认为合适的算法。如下图： 下拉框中的比对方法有三种：neural net and new screening(神经网络和新筛选)，neural net(神经网络)和frequency table(频数表)，选择一项你认为合适的。 上面三步完成之后就可以提交给服务器进行预测了，通过点击SUBMIT TO SERVER按钮提交。 提交大概几个小时之后就能收到作为预测结果的返回邮件了。 ??4. 具体使用实例?1.提交蛋白质序列： ?????????????????????????? PPPDLEDVSKIANGEAFALECLIESGLKLDSLAALSAKELDTNGSKIKCLVKCFFEKTGFMNKDG ?????????????????????????? QLQEETITEQLSKFMPRERIESLVKNCNFQEADACETAYKVTECYFQNKAGLF? 2. 返回邮件页面： 返回结果的邮件中有三个文件，一个是pdb图形文件，一个是ali序列比对文件，另一个是pfrmat.txt预测步骤文件。pdb 文件可以用三级结构观看软件如 chime打开，直接观看它的三级结构，亦可以用记事本打开，有预测的三级结构的详细原子坐标。.ali文件和pfrmat.txt文件可以用记事本打开，.ali文件中是目标模板比对的结果，pfrmat.txt文件中是大致的预测步骤和预测出的模型的原子坐标信息。具体使用实例 ?提交的序列与模板序列相似性较差的情况 ??? 提交的为预测序列为：????? ??????????????? ??????????????????????????? LEDVSKIANGEAFALECLIESGLKLDSLAALSAKELDTNGSKIKCLVKCFFEKTGFM ???????????????????????????? NKDGQLQEETITEQLSKFMPRERIESLVKNCNFQEADACETAYKVTECYFQN ?? 提交之后返回的邮件如下图： 在邮件的简介中说明应用的模板为100h的B链，目标与模板的相似度为22.7%。 中亦包括三个文件，pd