Axiom苹果基因分型芯片.PDFVIP

DataSheet Axiom® 苹果基因分型芯片 最全面的苹果高密度基因分型芯片 Axiom® 苹果基因分型芯片(Axiom_Apple480) 是通过Affymetrix 的专家设计项目与FruitBreedomics 联盟(www. FruitB) 合作设计。测序和标记选择是由Edmund Mach 基金会、法国农业科学研究院(INRA)、达尔 豪斯大学、瓦格宁根大学、博洛尼亚大学和米兰大学的专家主持完成。 苹果(Malus domestica) 是世界上栽培最多的植物之一。苹果基因组是一个古老的四倍体，有些品种是异源四倍体或 三倍体。苹果基因组是高度多态性的，大约每50 bp 就有一个单核苷酸多态性(SNP)，且有着快速的连锁不平衡(LD) 衰减(20-55 kb)。Axiom® 苹果基因分型芯片包含48 万个标记，它与Axiom™ Analysis Suite 软件一起克服了在苹 果基因组中存在的多倍体、LD 快速衰减和高度多态性等基因分型的挑战。 这款96 格式的芯片包含了利用63 个苹果品种和2 个双单倍体种质的全基因组序列数据鉴定出的标记。表1 列出了 SNP 开发过程中所用的品种数量和相应的原产国。表2 则提供了这些品种的名称。 芯片特点 ■ 极高的多样性