试验一计算机模拟试验.PDF

实验一 计算机模拟实验 一、实验目的 1. 了解分子模拟软件 Materials Studio 软件包； 2. 掌握计算机模拟的概念； 3. 掌握构建指定结构模型的方法 二、实验原理 1. 计算机模拟介绍 计算机模拟方法是从理论研究所提供的数学模型出发，遵循一些规则（合适 的程序语言），通过计算机计算得到所需要的结果 并可将得到的结果与实验数 据进行比对，甚至可以得到实验中得不到的结果 这样就可以在研究中引入一些 合理的较为复杂的因素，因此能够研究更为真实的系统，从而开创了一条更好的 理解真实实验的道路 现今，计算机模拟作为一种常用的研究工具，其重要性已 得到了广泛的认识，在科学研究中起着越来越重要的作用。应用计算机对体系进 行模拟可以节省大量的人力、物力，缩短实验周期，验证实验的可行性，并预测 实验的结果。如今，计算机模拟已被几乎所有的应用科学领域所采用，如材料科 学、气象学、天体学、生命科学以及建筑、工程学等方面，甚至现在在一些民生 产业(例如纺织)领域也有所应用 2. Materials Studio 软件包介绍 Materials Studio 软件包是Accelrys 公司针对材料科学研究而开发的新一代材 料模拟软件，它可以帮助解决当今化学、材料工业中的一系列重要问题 该软件 包界面非常友好、操作简便，使化学及材料科学的研究者们能更方便地建立三维 结构模型，并对各种小分子、晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进 行深入的研究， 得到切实可靠的数据 Materials Studio 是一个模块化的环境，每种模块提供不同的结构确定、性质 预测或模拟方法，应该根据模拟体系和环境来选择模块 Materials Studio 的中心 模块是 Materials Visualier。它可以容易地建立和处理图形模型，包括有机无机晶 体、高聚体、非晶态材料、表面和层状结构 Materials Visualier 也管理、显示并 分析文本、图形和表格格式的数据，支持与其他字处理、电子表格和演示软件的 数据交换 三、实验步骤 1. 生成一个 Project 1) 建立一个新文件夹“E:\ MS teach \ 2011class1”（每班第一个同学建立）； 2) 点击图标 运行 Materials Studio，新建Project （用自己名字的全拼命 名） 2. 绘制小分子结构（分子结构现场随机指定） 1) 生成新的 3D 文档 在菜单上选择 File / New，并且选择 3D Atomistic 后单击 OK。此时文件名 称出现在左侧的 Project Explorer 中，名称为 3D Atomistic.xsd，在其上 单击鼠标右键，选择 Rename ，将名称改为指定分子名称，并保存 2) 设置球棍模型为默认显示方式 从菜单栏中选择 Modify / Default Atom Style ，打开 Default Atom Style 对话框。在 Display Style 中选择 Ball and stick 。关闭 Default Atom Style 对话框。这样在本 project 中，默认显示方式被设置为 ball and stick 3) 绘制分子环和分子链 从草画工具条中选择 来绘制分子环，选择 来绘制分子链 4) 绘制非碳原子 从草画工具条中选择 来绘制原子，从下拉单中选择元素 5) 编辑原子类型 从 Modify 菜单中修改原子类型 6) 编辑键的类型 从 Modify 菜单中修改键类型 7) 添加氢原子并调整分子结构 8) 监控和调整原子间距离 9) 保存文件 3. 构造聚合物模型（聚合物结构现场随机指定） MS Modeling 允许构造均聚物(homopolymers)、嵌段共聚物(block copolymers)、无规共聚物(random copolymers)和多分叉枝晶聚合物 (dendrimers) 1) 选择 Build 菜单中 Bu