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松阿扁叶蜂SSR—PCR反应体系优化

松阿扁叶蜂SSR—PCR反应体系优化摘要:以SDS-蛋白酶K法提取的松阿扁叶蜂(Acantholyda posticalis Matsumura)基因组DNA为模板,利用L16(45)正交设计对影响松阿扁叶蜂SSR-PCR反应的主要参数DNA模板、Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物和dNTPs进行优化。结果表明,松阿扁叶蜂SSR-PCR最优的反应体系为25 μL体系中含1.00 U Taq DNA聚合酶、3.00 mmol/L Mg2+、3.75 mmol/L dNTPs、25.00 ng/μL DNA模板和10.00 μmol/L引物。 关键词:松阿扁叶蜂(Acantholyda posticalis Matsumura);SSR-PCR;正交设计 中图分类号:S763.43;Q78 文献标识码:A 文章编号:0439-8114(2012)18-4126-03 Optimization of SSR-PCR System for Acantholyda posticalis JIN Na,NAN Xiao-ning,HE Hong (College of Forestry,Northwest A&F University,Yangling 712100,Shanxi,China) Abstract: In order to establish the SSR-PCR amplification system using genomic DNA of Acantholyda posticalis which was extracted by SDS-proteinase K method as template, orthogonal design was used to optimize main PCR factors such as template DNA, Taq DNA polymerase, Mg2+, primer and dNTPs. The results showed that the optimized PCR system included 1.00 U Taq DNA polymerase, 3.00 mmol/L Mg2+, 3.75 mmol/L dNTPs, 25.00 ng/μL DNA template and 20.00 μmol/L each primer in the total volume 25 μL. Key words: Acantholyda posticalis Matsumura;SSR-PCR;orthogonal design 松阿扁叶蜂(Acantholyda posticalis Matsumura)是松树的重要食叶害虫之一,其1年发生l代,主要为害油松、黑松、樟子松等,常将当年生和二年生针叶吃光,致使被害松林成橘褐色,严重时80%以上的针叶被取食,从而严重影响树木生长[1,2]。中国关于松阿扁叶蜂的研究主要集中于其生物学特性[3,4]、发生原因[5,6]、寄主选择[7]、防治技术和预测预报[8,9]等方面,但关于该害虫种群遗传变异的研究至今未见报道。 微卫星(SSR)分子标记具有分布广泛、多态性高、稳定性好、操作简便、检测技术简单及共显性遗传等优点,已被广泛应用于物种资源遗传多样性研究、基因分子标记以及昆虫遗传多样性研究等领域。但SSR-PCR反应结果易受反应体系中多种因素的影响,因此需要对其扩增体系进行优化,然后才能进行后续的试验分析;此外,不同物种所需的SSR-PCR反应的最佳反应体系一般也不尽相同。 在进行种群遗传多样性的研究中,运用正交设计方法[10-12]对影响松阿扁叶蜂SSR-PCR反应的各因素进行了优化试验,建立了一套适合松阿扁叶蜂SSR-PCR的反应体系,为应用该技术进行松阿扁叶蜂的种群遗传多样性分析打下基础。 1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 原料 供试材料为2010年6月采自陕西省周至县楼观台国家森林公园为害油松的松阿扁叶蜂幼虫,样品保存于体积分数为95%的乙醇中,带回西北农林科技大学林学院昆虫分子生物学实验室进行基因组DNA提取。 1.1.2 试剂与仪器 10×PCR Buffer(无Mg2+)、10 mmol/L dNTPs、5 U/μL Taq DNA聚合酶、25 mmol/L MgCl2以及分子质量标准DL 2000 DNA Marker均购自宝生物公司(大连)有限公司,引物序列由生工生物工程(上海)有限公司合成,稀释成20 μmol/L。Mastercycle Pro S型PCR仪购自德国Eppendorf公司,ND-1000微量紫外可见分光光度计购自美国NanoD

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