UCSC Genome Browser 介绍和应用举例 生物信息学.doc

课程考核作业 内 容 UCSC Genome Browser 介绍 学 院 生物学院 课程名称 生物信息学 学生姓名 周思倩 学 号 S152201596 任课教师 谭钟扬 完成日期: 2016 年 1月 15日 UCSC Genome Browser简介： UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的，该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图，并提供一系列的网页分析工具。站点用户可以通过它可靠和迅速地浏览基因组的任何一部分，并且同时可以得到与该部分有关的基因组注释信息，如已知基因，预测基因，表达序列标签，信使RNA，CpG岛，克隆组装间隙和重叠，染色体带型，小鼠同源性等。用户也可以因为教育或科研目的加上他们自己的注释信息。UCSC Genome Browser目前应用相当广泛，比如Ensembl 就是使用它的人类基因组序列草图为基础的。约有一半的注释信息来自通过公开的数据计算得出，另外一半来自世界各地的科研工作者，支持数据库检索和序列相似性检索，Genome Browser本身不下任何结论，只是收集各种信息供用户参考。 UCSC 主要界面介绍： 下图是UCSC的主页，左边的功能菜单栏显示了UCSC的主要几个工具，包括Genome Browser、BLAT、Table Browser、Gene Sorter、In Silico PCR、VisiGene、Genome Graphs、等。总体介绍部分注释了UCSC的基本概念信息，新闻栏部分定期更新UCSC在技术和功能上面的改进和数据上的更新。 下图是Genome Browser的主界面，搜索基因名PPP1R1B得到以下基因组草图。简单的调整功能和每个区域所代表的含义如图标识。外显子是由代表内含子的横线连接的条形块部分。内含子是指连接条形外显子的细线部分。5’和3’非翻译区显示为前面和后面相对比较细的条形块部分。基因内含子内箭头表示转录的方向。在没有内含子可见的情况下,箭头显示在外显子条形块部分。 下图是路径的显示设置界面，包括多种特性的路径图。可以通过你的研究需要来选定所需要的显示选项。每个路径都可以通过点击蓝色的字体链接到注释界面。 下面是路径的5中显示模式介绍： Hide 路径不显示，这种模式有助于限制显示，只显示那些感兴趣的路径，方便查看。 Dense显示所有功能压缩成一行。当你只是想要一个注释的总体视图，这种模式有助于减少空间。 Squish每个注释特性的路径图单独显示,但只有full模式50%的高度。这种模式有助于减少路径图空间使用的，适用于当你想看大量的个体特性和得到一个注释的整体视图时，特别适合在染色体特定区域显示大量的路径图特性。 Pack分别显示的跟踪显示每个注释功能和标记,但不一定是显示在一个单独的行。当您想要查看大量的个体特性时，这种模式有助于减少空间使用，但需要提供的标签和显示尺寸完整模式。 full每个注释特性的跟踪显示在单独的行中。建议您使用这个选项的路径不要设置太多。 UCSC中基因组版本与其它数据库版本对应关系： 因为各数据库对基因组有一套自己的命名法则，往往说的名称不一样，但基因组序列相同，如UCSC的hg19和NCBI的GRCh37就是同一基因组，现将UCSC中基因组版本与其它数据库版本的对应关系列出，方便大家查找。/?p=326 下面介绍UCSC 两个典型的应用： 利用UCSC找序列的上下游基因 如果有一段序列，想找到其上下游基因，方法很多，用UCSC直观明了。以段人源序列为例，首先打开UCSC 的Blat界面，选择基因组为“Human”，版本选择最新的，其它的采用默认的，在文本域中拷入下面的序列，点击文本域下的“submit”提交就可以了。在接下来的页面选择第一个100%匹配的结果，如果你的序列有多个100%匹配的结果，那么说明此序列在基因组中多个位置存在。点击“browser”的链接就进入了浏览器模式，如果你想知道序列的详细情况可以点击旁边的“detail”。在浏览器模式下，首先设置显示的内容，默认的太多了，没法看，如果只想找基因的话，只需要下图标出的两个就可以了，其它的都设为“hiden”，设置好一组后就点上面的“refresh”，马上就可以看到上面图形的变化。 下图显示了一些主要区域的说明，通过“zoom in”和“zoom out”放大缩小基因组的显示范围，通过左边”move”调整你的序列在图形在的位置，一个基因显示多排说明此基因有多个编码方式及对应