研究生讲座 蛋白质相互作用课件.ppt

蛋白质相互作用生物信息学分析及预测;21世纪初生命科学的重大分支学科和发展趋势 ;分子生物学 ;研究蛋白相互作用的意义;蛋白质间的相互作用是实现功能的基础，细胞进行生命活动过程是蛋白质在一定时空下的相互作用的结果。;相互作用的蛋白质的含义： 参与同一个代谢途径（Metabolic pathway）或生物学过程（Biological process）；属于同一个结构复合物（Structural complex）或分子机制（Molecular machine）的元件。它们之间可以发生“物理”上的接触，也可以不接触，而仅是遗传上关联。;研究蛋白质间相互作用的最终目标： 建立模式细胞系统中全部蛋白质相互作用的网络，即蛋白质相互作用组（Interactome），这将为研究蛋白质的其它功能及细胞的全局特征构筑一个框架。 由于蛋白质相互作用网络的破坏和失稳，可能引发细胞功能障碍，因此，蛋白质相互作用网络的建立有助于发展网络动态模型，寻找合适的药物作用靶点，将为新药开发提供理论依据。 ;蛋白质间相互作用研究的实验技术;酵母双杂交系统;将目的蛋白的基因转入带有BD 结构域的质粒载体中，并把其转入酵母细胞中表达一个融合蛋白—诱饵蛋白（Bait ）；把要筛选的 cDNA文库中所有基因片段克隆至带有 AD结构域的另一质粒载体中，表达另一个杂交蛋白—靶蛋白（ Prey ）。然后共转化酵母菌或是通过两个单倍体酵母菌融合，在选择性缺陷培养基上筛选，通过对报告基因表型的鉴定来确定两个蛋白是否存在相互作用。;荧光共振能量转移技术;FRET技术能够定时、定量、定位、无损伤地检测活细胞内两个蛋白质间的相互作用，但细胞内复杂的生命活动常常是通过两个以上分子之间相互作用实现的，如何检测这种多分子间的动态作用机制是当今分子生物学研究面临的一个难题。为满足这种需求，研究人员提出了一种三色荧光的二步级联FRET （2-step FRET ）技术，作为一种新兴技术，它能检测活细胞内3 个生物分子间的相互作。;表面等离子体共振技术;将探针或配体固定于传感器芯片的金膜表面，当含分析物的液体流过传感片表面，分子间发生特异性结合时，可引起传感片表面折射率的改变，从而通过检测SPR 角的信号改变，测定分子间的相互作用。;蛋白质芯片技术;貉端诗衫皆趋捕日恍员萨撅授简蚕可餐晌扁肉焊怠茨珐旋峡藏慰犊夕详吼研究生讲座 蛋白质相互作用课件研究生讲座 蛋白质相互作用课件;生物信息学方法;研究蛋白质相互作用的网络是理解细胞网络结构及功能，是理解生命新陈代谢以及疾病发生的基础和关键；在蛋白质组研究领域，利用高通量的实验方法来鉴定和分类蛋白质、细胞内的蛋白区域和蛋白质的相互作用，产生了很多的生物信息记录，这就需要有一些标准且特异的数据库来描述和储存这些相互作用的信息，其结果导致了大量的蛋白质相互作用数据库的发展。;生物信息学在基因组学和蛋白质组学的研究中起着特殊的重要作用，因为基因组学和蛋白质组学研究所提供的数据数量之巨大在生物学史上是史无前例的，且蛋白质组学比基因组学更具复杂性，因而蛋白质组信息学的发展与应用面临着更多挑战。;在后基因组时代，生物信息学的研究内容已经从对基因组和蛋白质组数据的高效分析转移到比较基因组学、代谢网络分析、基因表达谱网络分析、蛋白质结构与功能分析以及药物靶点筛选等方面，分别与功能基因组、蛋白质组、结构基因组等研究领域互相配合、紧密相关，成为目前极其热门的系统生物学研究的重要基石。;生物信息学方法大都是基于从已知数据库来分析比较未知蛋白的功能及其相互作用蛋白。 生物信息学分析无需具体的实验操作，往往是在整个基因组规模上进行研究，可获得较大的信息量。 另外，根据蛋白晶体结构的互补性，也可推测蛋白间可能的相互作用，但遗憾的是，这些方法以结构数据为前提，若数据库中没有可供分析的数据则无法比较。;目前大规模研究产生的数据均未达到饱和，需要整合所有的研究数据而不是分析单一的实验结果，才能得到更加清晰、有用的生物学信息。 值得一提的是，在细胞中有些蛋白质的相互作用是瞬时的、不稳定的，以实验为基础的研究方法很难捕捉到这种相互作用，而基于生物信息学的分析则能弥补这一不足。;生物信息学方法预测蛋白质相互作用的原理;系统发育谱（Phylogenetic profile）;基因邻接（Gene neighborhood）;基因融合事件（Gene fusion event）;镜像树（Mirrotree）;突变关联（Corelated mutations ）;序列信号关联（ Corelated sequence-signatures ）;保守的蛋白间相互作用（Interologs）;同源结构复合物（Homologous structural c