复习2-2015-5.26.pptx

;一、 引言;;一个数据库记录(entry)一般由两部分组成：?;;;生物信息数据库;NCBI? National?Center?for?Biotechnology?Information?(US)? EBI? European?Bioinformatics?Institute?(EU)? HGMP? Human?Genome?Mapping?Project?Resource?Centre? (UK） ExPASy? Expert?of?Protein?Analysis?System?(Switzerland?)? CMBI? Centre?of?Molecular?and?Biomolecule?(The?Netherlands)? ANGIS? National?Genome?Information?Service?(Australia)? NIG? National?Institute?of?Genetics?(Japan)? BIC ? National?Bioinformatics?Centre?(Singapore);;; 国际上权威的核酸序列数据库 （1）欧洲分子生物学实验室的EMBL? http://www.embl-heidelberg.de （2）美国生物技术信息中心的GenBank? /Web/Genbank/index.html ? （3）日本遗传研究所的DDBJ? http://www.ddbj.nig.ac.jp ;三大主要核酸序列数据库;;美国的核酸数据库GenBank 从1979年开始建 设,1982年正式运行〖Banson,D.A.?et?al.?(1998)?Nucleic?Acids?Res.?26,?1-7〗;;;;;;部分生物基因组计划网址;GDB?（美国、加拿大）?;;AceDB?;;3?、蛋白质序列数据库?;SWISS?－PROT?;SWISS-PROT?(http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html） 是目前国际上比较权威的蛋白质序列数据库,其中的蛋白 质序列是经过注释的;;（2?）最小冗余;;进入网站，后在搜索栏里键入关键词，点击“ＧＯ”图标;在搜索结果里找需要的信息即可; PIR?(protein?information?resource)? 1.? 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)；? 2.? 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点；? 3.? 数据依据注释的质量分为4类。 网址：?/? PIR?数据库的分类情况 (Release?51.03)?;;;;;输入蛋白质代码1zni后search;;PDB?（protein?data?bank ）?;PDB（Protein?Data?Bank）;?? 一种是隐式序列信息(implicit?sequence)?;;以胰岛素（insulin）1zni为例;在搜索栏里输入蛋白质ＩＤ（PDB ID）1zni后搜索;用rasmol软件打开下载的1zni.pdb文件;;直接输入汉字“胰岛素”后搜索;;SCOP?（Structural?Classification?of?Protein?）;;;1?、基因组信息二级数据库?;;2?、蛋白质序列二级数据库?;GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能;NCBI网站网址： ; GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。;;Nucleotide 数据库分为三个子数据库：;;;简介;简介;;;ras[GENE];;;检索限定词：;获取所需要的基因序列;;;保存序列信息;;;简介;特殊标志符的格式(核酸序列)：;（1）mRNA 记录（NM_*）: e.g.:NM_000492 （2）基因组的DNA重叠群（NT_*）: e.g.:NT_000347 （3）完整的基因组或染色体（NC_*）: e.g.:NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）: e.g.:NG_000019 （5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483;特殊标志符的格式（核酸序列）：;简介;序列长度的检索限定词：[SLEN];;简介;范围检索：中间用冒号连接;简介;限制检索;简介;排除某种类型的序列;简介;预检索输入框;;;;简介;;简介;;简介;;简介;;序列相似性搜索;;;;GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较：;