Using Web-Services NCBI EUtils lec10课件.pptVIP

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2017-08-16 发布于河南
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Using Web-Services NCBI EUtils lec10课件.ppt

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Using Web-Services NCBI EUtils lec10课件

Using Web-Services: NCBI EUtils, online BLAST ;Outline;NCBI Entrez;NCBI Entrez;NCBI EUtils;NCBI EUtils;BioPython and Entrez EUtils;BioPython and Entrez EUtils;EUtils Web-Services;Using ESearch;Using EFetch;ESearch and EFetch together;from Bio import Entrez, SeqIO Entrez.email = netid@georgetown.edu handle = Entrez.esearch(db=nucleotide, term=Cypripedioideae[Orgn], usehistory=y) result = Entrez.read(handle) handle.close() count = int(result[Count]) session_cookie = result[WebEnv] query_key = result[QueryKey] print count, session_cookie, query_key chunk_size = 100 for chunk_start in range(0,count,chunk_size) : handle = Entrez.efetch(db=nucleotide, rettype=genbank, retstart=chunk_start, retmax=chunk_size, webenv=session_cookie, query_key=query_key) for r in SeqIO.parse(handle,genbank): print r.id, r.description handle.close();NCBI Blast;NCBI Blast;Required parameters: Blast program, Blast database, Sequence Returns XML format results, by default. Save results to a file, for parsing…;Results need to be parsed in order to be useful…;Lab exercises;Lab exercises