Asia1型口蹄疫病毒第V群猪源和牛源毒株全基因组比较分析.PDF

微生物学通报 SEP 20, 2010, 37(9): 1312−1319 Microbiology China © 2010 by Institute of Microbiology, CAS tongbao@ 研究报告 Asia1 型口蹄疫病毒第 V 群猪源和牛源毒株 全基因组比较分析 * 郑海学 靳野 尚佑军 郭建宏 田宏 杨亚民 刘湘涛 才学鹏 ( 中国农业科学院兰州兽医研究所 家畜疫病病原生物学国家重点实验室 农业部畜禽病毒学重点开放实验室 国家口蹄疫参考实验室 甘肃 兰州 730046) 摘 要: 为了查明 Asia1 型 FMDV 第Ⅴ群猪源和牛源毒株的序列差异, 采用 RT-PCR 方法, 对 Asia1 型 FMDV 第Ⅴ群猪源分离毒株 Asia1/HN/06 的基因组全序列进行了扩增和测序, 并与第Ⅴ 群牛源和猪源参考毒株基因组进行比较分析。结果表明, Asia1/HN/06 毒株全基因组序列长约 8236 nt [含38 个A 的poly(A)尾], 其中5NCR 长 1116 nt, 前导蛋白(L)编码区长603 nt, 结构蛋白 与非结构蛋白编码区的核苷酸序列为6990 nt, 3′NCR 长93 nt, 3′端是至少含有38 个A 的poly(A) 尾巴。猪源毒株和牛源毒株的全基因比较分析表明, 属于第Ⅴ群, 全基因编码区核苷酸和氨基酸 的同源性均为98.0%, 主要差别是猪源毒株Asia1/HN/06 在细胞受体结合位点变为RDD 和 155 位 置的N 变为S 或D, 该群毒株3A 更具有猪源毒株特征, 有4 个特异性氨基酸变异。明确了Asia1 型FMDV 第Ⅴ群猪源和牛源毒株的序列差异, 为进一步利用反向遗传技术研究猪源和牛源毒株差 异位点或基因在病毒表型变异中的作用奠定基础。 关键词: FMDV, 全基因组, 受体结合位点, 3A 基因 Comparative Analysis of the Genomes of Foot-and-mouth Disease Virus Isolates from Porcine and Cattle Origin ZHENG Hai-Xue JIN Ye SHANG You-Jun GUO Jian-Hong TIAN Hong * YANG Ya-Min LIU Xiang-Tao CAI Xue-Peng (State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, Key Laboratory of Animal Virology of Ministry of Agriculture, National Foot-and-Mouth Disease Reference Laboratory , Lanzhou Veterinary Research Institute of Chinese Academy of Agricultura