冷冻电镜单颗粒重构中病毒三维显示的校正 correction three-dimensional display of virus in electron cryo-microscopy single particle reconstruction.pdfVIP

第28卷第5期 电子显微学报 Vol一28，No．5 of 2009．10 2009年10月 Jou邝IalClline∞El∞tmn Micm∞opy S∞ie够 文章编号：1000．628l(2009)05．0410．04 冷冻电镜单颗粒重构中病毒三维显示的校正 李 晶1’2，李鲲鹏1，柳正1，张景强1，张勤奋1，李茵茵1 (1．中山大学生物防治国家重点实验室，广州510275；2．昆明总医院医学工程中心，昆明650032) 摘要：利用冷冻电镜显微技术和单颗粒三维重建方法获得BmCPv(家蚕质多角体)；cSBv(中蜂囊状幼虫病痛 毒)；c6，36DNV(C6，36浓核病毒)的三雏结构体数据，用空间低通滤波对体数据矢量场进行处理并进行三维显示，较 原来的显示，提高了信噪比，增强了显示稳定性与显示质量。病毒每个表面细节和轴上突起更加清晰可见。 关键词：冷冻电子显微技术；三雏重构；低通滤波；三雏显示；病毒 文献标识码：A 中图分类号：043；Q6；Q5；Q939．4；Q336 根据病毒结构上的二十面体对称特性，计算机 1材料与方法 三维重构与冷冻电镜技术相结合产生冷冻电镜单颗 1．1 粒技术(CryoEM)，已经成为研究病毒结构的主要手 材料 段…。该技术利用二十面体的对称性和中央截面定 本实验室多年来进行冷冻电镜病毒单颗粒技术 理，确定电子显微图像中的病毒颗粒的空间取向和 的三维重构研究，现已得到多种较高分辨率的病毒 中心位置，然后把大量的，确定了取向和中心位置的 三维重构体数据。其中包括分辨率为1．3nm的 病毒颗粒空间叠加，重构出病毒的三维结构。至今 nm BmcPv[8】、分辨率为2．5CSBV【引、分辨率为1．4 已经用此技术得到了大量病毒的三维结构心J。用 nm C6，36DNV的三维结构体数据[1引。本文以上述 Fourier—Bes8el合成法进行三维重构包括样品制备、 三种病毒高分辨三维重构的体数据作为研究对象进 冷冻电镜成像和数据采集、数据处理、三维结构显示 行低通滤波研究。 和解释。其中三维显示和解释是整个过程的结果和 1．2方法 关键步骤。由于重构过程中很多不良因素的影响， 在经典的信号处理中，低通滤波的实质是通过 通过重建所得到的三维体数据含有噪声。在对体数 时域到频域的变换，如傅立叶、拉普拉斯或小波变换 据进行可视化的过程中，势必有噪声的影响，严重的 等手段把空间上的信号变换到相应的表示不同频率 会导致在病毒的三维显示中出现伪结构b1。为了消 特征的正交子空间上，在去除信号在高频正交子空 除噪声，近年来出现了大量的对病毒三维重建的后 间的成分后，信号又被反变换回原来的空间域中。 处理研究H-。采用合适的滤波器是解决这个问题的 这种重新得到的信号就是去除了高频干扰噪声后要 主要手段，当前研究中所应用到的滤波器包括：双边 得到的信号，这个过程就是低通滤波。对于体数据 Detection 滤波器¨1、小波变换滤波¨j、MDL(Minimum场用于描述三维明暗特征的参数，是所显示象素的 kvel)滤波器1等，这些滤波器均有计算复杂的缺