在NCBI使用心得1-2.pdfVIP

2008-3-9 00:13:21 AM 第二部分 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（以大鼠（rattus norvegicus ）的结缔组织生长因子（CTGF）为例） 1．进入NCBI 主页：/在search 后面选择Gene，在for 后面填写 需要查找的基因的名字。如图所示： 点击 Go”，出现以下界面： 出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有 Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些 序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名 （Other Aliases ）与你的目的基因一致，根据每个序列 的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的大鼠CTGF 是标号为3的序列。 点击序列3的ctgf出现页面如 图所示 （部分页面）： 14 4 2008-3-9 00:13:23 AM 2.1 查找cDNA 序列 2.1.1 点击Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示： 2.1.2 点击Clone Sequence 后面的链接即可得到cDNA 序列。点击后如图所示（只抓取其中 一部分）： 2.2 查找mRNA、蛋白序列 回到步骤1 点击 Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以 页面(只抓取相关部分， 即页面的 半部分，即可以获取mRNA 和蛋白序列的部分) ： 14 5 2008-3-9 00:13:24 AM 找到 NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个 mRNA and Protein ”区 可以让我们找到连续的编码mRNA 序列和蛋白序列。在mRNA and Protein 下面有两个序列代码 （中间划有一个箭头），这代表了mRNA 序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。 点击后如图所示，mRNA 序列： 翻译的蛋白序列 即为已公布的引物序列（详见 四部分） RNA(截取 部分 其中包括了翻译的蛋白序列 蛋白序列如下： NCBI Reference Sequences (RefSeq) 的第二个板块是Reference assembly，它下面显示的是 Genomic ，点击Genomic 下面Reference assembly 对应的Genbank 或FASTA 即可出现编码的 DNA 序列 （注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5‘非编码区）。 14 6 2008-3-9 00:13:25 AM 这样我们就可以找到基因的cDNA 序列、连续的编码mRNA 序列、蛋白序列以及含有内含子 的编码DNA 序列了。相信这些操作对很多人还是有用的。 2.3 查看蛋白质的三级结构 如2.2 查找mRNA、蛋白序列中的图1所示 （见 图）， 点击NP_071602.1出现另一界面（见 图）： 点击Conserved Domeins 即可显示蛋白 的三级结构 （见 图）： 14 7 2008-3-9 00:13:25 AM 蛋白质的三级结构 14 8