使用ChemDraw与ChemFinder创建组合化学库分析.docx

使用ChemDraw与ChemFinder创建组合化学库作者: Jesse Gordon公司：CambridgeSoft Corporation期刊号：20.4　　ChemDraw与ChemFinder的Combining functionality功能可以创建组合化学库并可对其中每种物质的性质做出初步预测，这篇文章将介绍以下内容：在ChemDraw中展开化学结构的通式（generic structure）将展开的结构式以SDF格式导出将SDF导入到ChemFinder中作为本地化学数据库使用ChemFinder为每个结构式计算化学性质和名称创建含有更多组合元素的化学结构通式将新创建的SDF导入到ChemDraw/Excel中使用ChemDraw/Excel为每个结构式计算化学性质和名称　　这篇文章使用ChemDraw/Excel的工作环境为Microsoft Excel 2003， Windows XP系统；您当然也可以在Microsoft Excel 2007以及Windows7系统中使用此功能。这里我们选用ChemBioDraw Ultra 12及ChemBioFinder Ultra12对数据进行处理。但ChemDraw Ultra与Pro版本也提供上文所述的“展开结构通式（Expand Generic Structure）”功能，要注意的是ChemDraw Std没有此功能。还需注意ChemDraw/Excel功能也有限制，如ChemDraw Ultra有此功能，但ChemDraw Pro没有此功能。详细的功能说明，请参阅用户手册。1.在ChemDraw中展开化学结构的通式　　让我们从一个简单的化学结构通式开始，如下图所示，可以展开成12个结构式未展开的结构通式　　我们的目标是用展开的12个结构创建一个化学数据库，预测他们的沸点及熔点并进行对比。我们还将为这12个结构命名。首先我们使用ChemDraw的“Expand Generic Structure”功能，可以将上图的通式展开为下图所示的12个结构式：展开的结构通式　　在ChemDraw中，可以为每个结构式计算熔点，沸点并为其分配一个系统名，但只能对每个结构式逐个执行这些操作。而我们的目的是将上述步骤一次性完成。2. 将展开的结构式以SDF格式导出　　ChemDraw可以将多个结构式以化学结构的标准格式SDF格式导出。导出的SDF文件可以导入到ChemFinder或ChemDraw/Excel中。导出SDF格式文件的方法是通过ChemDraw的“Save As”功能，用这个功能还可以将结构式转换成SKC，Mol等多种其他格式保存。SDF文件可以使用记事本查看，如下图所示。展开的结构式在SDF文件保存的形式3. 将SDF导入到ChemFinder中作为本地化学数据库　　现在，我们用ChemFinder以数据库的形式打开SDF文件来查看结构式。步骤如下：打开ChemFinder，选择Blank Form单击OK 单击菜单栏File Import SDFile选择刚才导出的SDF文件Expanded_12.sdf 出现Data Import对话框，单击ImportChemFinder默认界面如下图所示将SDF文件导入到ChemFinder中　　SDF文件打开后，ChemFinder界面显示的是12个结构中的第一个结构苯酚，如上图所示。接下来我们将为这些结构式添加化学性质，这一功能只在ChemFinder Ultra版提供。4. 使用ChemFinder为每个结构式预测性质和命名　　ChemFinder的“Property Populator”功能可以为数据库中所有物质一次性计算出相关化学性质，步骤如下:在Form View窗口（即上图的右侧窗口）的空白区域右击在出现的菜单中选择“Calculate Properties”。在出现的对话框中选中性质（Property）一列中的“Boiling Point” ，“Freezing”，“Melting Point”及“Chemical Name”选中对话框上半部分的两个复选框（如图所示）单击“Populate”将所选择的化学性质添加到数据库中ChemFinder的Property Populator窗口　　现在我们就在ChemFinder下建立了一个组合化学库。以Data Table查看数据库（菜单栏View Data Table 选择任意一个选项即可），就会出现如下图的界面。可以发现原本在ChemDraw中以俗名表示的结构，在ChemFinder中则以实际的结构式显示在数据库中。但在ChemDraw/Excel中仍以原来的俗名显示。为所有结构式添加的化学性质及名称　　本文所使用的数据库和SDF文件可以从章结尾提供的链