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香菇基因组中EST_SSR的构成和分布
( )
·438 · 微 生 物 学 通 报 2007 年 34 3
香菇基因组中 ESTSSR 的构成和分布
1 ,2 3 1 1
林范学 程水明 李安政 林芳灿
( ) 1 ( ) 2 ( ) 3
华中农业大学应用真菌研究所 武汉 430070 济宁师范专科学校生物系 济宁 272125 黄冈师范学院生物系 黄冈 438000
( ) 6
摘要 :从真菌基因组计划网站 FGP 和 NCBI 网站数据库下载了符合条件的总长度为 81 ×10 bp 的 11150 条香菇的
( )
EST 包括 10 条 cDNA 序列 ,通过 SSRhunter 13 软件结合手工查找 ,从中发现 283 %即 316 条 EST 含有一共 469 个
SSR ,平均每 173kb 出现一个 ESTSSR 。在所有 ESTSSR 中 ,三碱基和六碱基 SSR 出现最多 ,分别占 ESTSSR 总数的
( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
3800 %和 2000 % 。出现较多的基序为 A n 、T n 、GA n 、AG n 、TGA n 、GAT n 和 TCTTT n , 占所有 ESTSSR 的
3539 % 。
关键词 :ESTSSR ,基序 ,构成 ,分布 ,香菇
( )
中图分类号 :Q9395 ,S64612 文献标识码 :A 文章编号 2007
Compose and Distribution of ESTSSR in Genomes of Lentinula edodes
1 ,2 2 1 1
LIN FanXue CHEN G ShuiMing LI AnZheng LIN FangCan
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