质谱Shotgun分析服务QA.PDFVIP

质谱Shotgun 分析服务QA 第一版 生效日期：2014 年 7 月31 日 Email ：info_apt@sibs.ac.cn Tel ：021 Addr ：上海市漕宝路500 号 5 号楼 目 录 Q1 ． 蛋白质鉴定可信度的判断标准是什么？3 Q2 ． 应该如何解读蛋白质鉴定列表？3 Q3 ． 蛋白质鉴定结果较少的可能原因是什么？ 5 Q4 ． Shotgun 实验能否提供蛋白质定量信息或者确定样品中不同蛋白质的相对含量？ 5 Q5 ． 鉴定到的蛋白质与凝胶电泳图谱中估测分子量差异很大的原因？或者为什么SDS胶上不同 位置条带的质谱鉴定结果中含有同一个蛋白质？5 Q6 ． 什么是 Basepeak 图？5 Q7 ． 蛋白鉴定列表里面没有基因信息，结果应该怎么分析？6 Q8 ． 通过 western blot 检测到的蛋白质，为什么质谱没有检测到或者只检测到一段肽？6 Q9 ． 经过其他实验方法验证了目标蛋白质存在特定修饰，但是质谱鉴定未检测到该修饰和修饰位点， 为什么？ 6 Q10 ． 为什么质谱检测到的蛋白质只是部分氨基酸序列，这样的数据是否可信？ 7 Q1 ．蛋白质鉴定可信度的判断标准是什么？ A1 ．不同精度的质谱鉴定结果的筛选标准与可信度判断标准稍有不同： (1) LTQ-Velos 结果通常采用 Sequest 软件查库，采用的筛选标准为： 搜正库 ：Xcorr 得分 1 价离子≥1.9 ，2 价离子≥2.2 ，3 价离子≥3.75 ；搜正反库：protein FDR≤ 0.01 及 peptide FDR≤0.01。 (2) QE 鉴定的结果通常采用 Mascot 软件查库，如果查询数据库为正库，筛选标准 score 20 ；如果是正反 库，采用的筛选标准为：protein FDR≤ 0.01 及 peptide FDR≤0.01。 我们给出的蛋白都是经过以上标准筛选过的，因此都可以认为是可信的。在此基础上，如果需采用更 严格标准进行后续研究或用于发表文章：1 ）对于 LTQ-Velos 的质谱鉴定数据，可进一步选择 unique peptide≥2 的蛋白质 ；对于 unique peptide=1 的蛋白质，如果 peptide ≥2 ，也就是说该肽段被检测到多 次，这类蛋白质也被认为是可信的。2 ）当 unique peptide=1 ，peptide =1 时，如果是高精度质谱仪（如 QE ）的鉴定结果，其肽段的score≥20 （Mascot 得分），一般也被认可为可信蛋白质。 Q2 ．应该如何解读蛋白质鉴定列表？ A2 ．QE 鉴定的结果通常采用 Mascot 软件查库 ，输出的蛋白质鉴定表格式如下： 本表包括蛋白质（组）与蛋白质（组）相对应的肽段两类信息。 表中第 1 行（表头）及第 3-15 行为鉴定到的蛋白质信息，解释如下： A 列为蛋白质在本表中的编号。如A3-A15 为$1-1 至$1-13 ，代表同一个ProteinGroup（蛋白质组）。ProteinGroup 指某些蛋白质序列的保守性或同源性非常高，无法通过质谱鉴定到的肽段（Unique peptides ）将这些蛋白 质做进一步区分，这些蛋白质被归为一个蛋白质组。一个蛋白质组内的蛋白质也有可能是数据库中同一个 蛋白质的重复信息。 B 列为 Reference ：蛋白质的登录号及描述。 C 列为 PepCount ：检测到的肽段总数，如$1 蛋白质共检测到 5 个不同的肽段 （见第16 行-23 行），每个肽 段的被检测到的次数依次为 2, 2, 1, 2, 1 ，则检测到的肽段总数为8 ，即PepCount=8。该值较高说明蛋白值 相对丰度可能较高，或蛋白质分子量较大，并不能作为蛋白质定量的标准。 D 列为 UniquePepCount ：检测到的唯一肽段数，如$1 蛋白质共检测到 5 个不同的肽段（见第 16 行-23 行）， 则 Uniq