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基于结构的虚拟筛选及Maestro的使用教程
基于结构的虚拟筛选与Maestro的使用
朱孔凯
2015-7-22
药物发现面临的挑战
化学空间
1020
类药化合物
生物空间
104 ~ 105
蛋白
药物发现
先导化合物
药靶
正确的小分子 + 正确的药靶
高通量筛选VS虚拟筛选
优点:可进行大规模(上百万分子)筛选。
缺点:费钱;有些体系不适合;命中率低。
晶体结构
已知
未知
基于配体的方法
基于结构的方法
分子对接
已有活性化合物
相似性搜索
药效团模型
机器学习
没有活性化合物
常用的分子对接程序有DOCK,AutoDOCK,Glide,Gold等。
Maestro
登陆:(Putty、Xshell)
Maestro is the graphical user interface (GUI)
for all Schrödinger software.
Prime---蛋白质结构预测;
Glide---配体-受体分子对接;
Liaison---预测结合与亲和力;
Qsite---研究蛋白质活性区域内的反应机制(QM/MM);
Phase---作基于配体的药效建模;
QikProp---用于候选药物的ADME性状预测;
LigPrep---用于小分子配体的准备;
Epik---对生物环境中的配体质子化状态做精确枚举;
Jaguar---高性能初始量子力学组件;
MacroModel---应用于材料及生命科学等的化学研究;
Strike---用于检查组织性能关系的化学方法统计程序;
分子对接(Glide)
分析对接结果
Applications Glide XP visualizer
导出来用 Pymol 看
谢谢!
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