基于结构的虚拟筛选及Maestro的使用教程.pptx

基于结构的虚拟筛选与Maestro的使用 朱孔凯 2015-7-22 药物发现面临的挑战 化学空间 1020 类药化合物 生物空间 104 ~ 105 蛋白 药物发现 先导化合物 药靶 正确的小分子 + 正确的药靶 高通量筛选VS虚拟筛选 优点：可进行大规模（上百万分子）筛选。 缺点：费钱；有些体系不适合；命中率低。 晶体结构 已知 未知 基于配体的方法 基于结构的方法 分子对接 已有活性化合物 相似性搜索 药效团模型 机器学习 没有活性化合物 常用的分子对接程序有DOCK，AutoDOCK，Glide，Gold等。 Maestro 登陆：（Putty、Xshell） Maestro is the graphical user interface (GUI) for all Schrödinger software. Prime---蛋白质结构预测； Glide---配体-受体分子对接； Liaison---预测结合与亲和力； Qsite---研究蛋白质活性区域内的反应机制(QM/MM)； Phase---作基于配体的药效建模； QikProp---用于候选药物的ADME性状预测； LigPrep---用于小分子配体的准备； Epik---对生物环境中的配体质子化状态做精确枚举； Jaguar---高性能初始量子力学组件； MacroModel---应用于材料及生命科学等的化学研究； Strike---用于检查组织性能关系的化学方法统计程序； 分子对接(Glide) 分析对接结果 Applications Glide XP visualizer 导出来用 Pymol 看 谢谢！