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igv可视化使用说明
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一、IGV 下载安装： 3
二、加载参考基因组： 4
三、Load GFF 注释文件： 5
四、转录组比对bam 文件查看： 8
五、重测序数据可视化： 10
六、其他更多使用帮助请查看IGV user guide： 13
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一、IGV 下载安装：
1. 首先确保系统中已经安装好Java JDK ；正确配置好环境变量
下载地址：
/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.h
tml ；
环境变量配置帮助：
/article/6dad5075d1dc40a123e36ea3.html
2. 下载安装IGV，打开网址：/software/igv/download
Windows 建议下载红色方框里面版本：如果电脑配置较高可选择10G 64 位版
下载完成后会有文件： 双击打开；首次打开会自动下载安装，请耐
心等待；
安装完成后双击打开上面下载的文件；运行界面如下：
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二、加载参考基因组：
下面以拟南芥基因组为例介绍如何使用：如下图点击load 拟南芥参考基因组:
操作步骤如下图：
选择拟南芥参考基因组打开：
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打开后会有如下图所示：
三、Load GFF 注释文件：
由于GFF 文件很大，需要排序以及建索引之后才能导入IGV ：
利用IGVtools 进行排序和建立索引
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