系统发育分析-科学网—博客.pdf

Fujian Agriculture and Forestry University 生信系列 系统发育分析 Phylogenetic Analysis (Mrbayes篇) RAINDYOK@QQ.COM 2013.09 BI简介 贝叶斯法（Bayesian inference, BI ）  特点： 基于进化模型的统计推论法 ，具有完整而坚实的数学和统计学基础，可以处理 复杂而接近实际情况的进化模型，可以将现有的系统发育知识整合或体现在先验概 率中，通过后验概率直观反映出各分支的可靠性而不需要通过自举法检验。  缺点： 对进化模型比较敏感，BI法中指定的每个氨基酸的后验概率建立在许多假说条 件下，在现实中可能不成立。  适用： 大或复杂的数据集。 建树流程 Clustalx/MEGA/MAFFT 多序列比对 Gblock 0.91b 保守区选择 饱和 饱和度检测 未饱和 不适合建树 适合建树 DAMBE ModelTest/MrModeltest/JmodelTest/ProTest 进化模型选择 Mrbayes 3.2 系统发育树构建 Figtree v1.4.0 BI树查看及美化 1 st 多重序列比对  MAFFT/Clustalx/ClustalW  ClustalW(Codons)、Muscle(codons) 详见本人相关的教程《Clustalx多重比对图解教程(By Raindy)》《MAFFT 多重序列比对图解教程（By Raindy ）》，此处不再赘述。 MAFFT DOS 界面 Clustalx GUI 界面 ClustalW(Codons) in MEGA 2 nd 序列保守区的选择 Gblock 0.91b 在线提交：http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/one_task.cgi?task_type=gblocks http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/one_task.cgi?task_type=gblocks 提交上步多重比对后的序列 蓝色为保守区序列 参数信息 最终得到的保守区序列 在MEGA中导出为PAUP专用的nex格式 3 rd 替换饱和检测 DAMBE • PAUP 软件验证替换饱和： 在PAUP中分别计算p 距离和 GTR+I+G距离，然后在Excel中做散点图。 如果散点分别在y=x直线上， 就说明没达到饱和； 如果GTR+I+G距离p 距离， 就说明饱和了。 本法操作比较繁琐，详见 《The Mitochondrial Genome of the House Centipede Scutigera and the Monophyly Versus Paraphyly of Myriapods》一文。 • DAMBE 软件验证替换饱和： 若ISS ISS.c 且p =0.0000 （极其显著），说明序列替换未饱和，适合建树！ 图前