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MEGA3 指南 一、前言 MEGA 系列软件用于检验和分析DNA 、蛋白质序列的演化。MEGA1 是基于20 世纪 90 年代早期个人计算机平均水平设计的，在DOS 操作系统下运行。90 年代晚期开发的 MEGA2 加强了运算能力和图形界面，满足了日益增长的大数据量分析的要求；MEGA2 的 最终版本能对多个序列数据进行分析、对类群内和类群间的遗传多样性进行估计，还可以推 断高等级水平的物种、基因的演化关系。MEGA2 内嵌了很多用于估计演化距离、计算类群 内和类群间分子序列和遗传多样性、以及最小演化和最大简约标准下推断系统发育关系的方 法。此外，MEGA2 内还可以对系统发育关系进行自展和可靠性置信概率（confidence probability）检验、以及确定世系间替代模式异质性分散指数（disparity index）。 MEGA3 强调了序列获得和演化分析的整合；该软件允许多种格式数据输入，用户可以 在多个窗口检视结果，进行序列数据的操作和编辑、系列比对和系统发育关系树推断，并进 行演化距离估计。结果输出窗口（results explorers ）允许使用者进行浏览、编辑、总结和 输出结果。MEGA3 还包括距离矩阵、系统发育关系展示窗口（explorers），以及一些用于 直观呈现输入数据和输出结果的高级图形模块。 MEGA3 旨在降低日常数据分析时间，并提供一种便利的分子演化分析平台。在MEGA3 的开发过程中，我们尽力保持以前版本中的界面风格；额外的功能和显示窗口在用户要求时 才启动。此外，数据子集和输出结果均保存在相应的文件中，在用户要求下显示。 二、MEGA3 的新特性 与MEGA2 相比，MEGA3 除具有全序列编辑和比对功能外还具有下列特点： —对序列进行手动编辑和比对 —DNA 编码序列或其翻译的氨基酸序列形式进行直观的编辑 —内嵌了稳定的、可进行多序列比对的CLUSTAL 软件 —基于手动或者是CLUSTAL 比对（Alignment ）对数据进行进一步划分 此外，还具有 —整合了内嵌的基因序列数据库浏览器（explorer），可以由网络资源获得数据 —整合了可对数据进行检索（retrieval）的NCBI BLAST 工具 —比对中序列数量无限制 —固定当前比对进程，以进行进一步工作 —系统树浏览器可以读写NEWICK 格式数据文件 这些特点在软件上体现为： MEGA3 的“Sequence Alignment Construction”功能中的所有项目（包括Alignment Editor 、 Multiple Sequence Alignment 、Sequencer (Trace) File editor/viewer 和Integrated Web Browser and Sequence Fetching ）均为前两个版本所不具有。 其它新功能还包括： “Data Handling”功能下的“Center Analysis Preferences Dialog ”项目； “Distance Estimation Methods ”功能下的“LogDet (Tamura-Kuma) ”核苷替代模型、 “Relaxation of the homogeneity assumption ”和“Protein distance”项目下的“Dayhoff and JTT distances ”、“Relaxation of the homogeneity assumption”； “Tree Explorers ”功能下的“Save to Newick format”、“Read trees from Newick format” 和“Display images on tree for groups and taxa”。 - 1 -  2005-9-24 6:58:00 三、MEGA3 中的主要菜单 MEGA 主界面中含有Menu Bar 、Toolbar 和Data Description window，菜单栏里存在下 列菜单、File menu 、Data menu、Distances menu 、Pattern menu 、Selection menu 、Phylogeny menu 、 Alignment menu 、Help menu 。 四、输入数据的类型和格式 MEGA3 支持多种类型的数据输入，数据大小决定于用户的计算机性能。 1. 输入数据格式对话框 当MEGA3 无法识别输入数据的格式时，就会出现一个输入数据格式对话框。 数据类型：是指MEGA3 可以进行分析的数据类型。点击该按钮可以指示当前数据的类 型。根据所选数据类型，使用者还需要提供如下信息： 对于序