常用系统发育树建算法和软件鸟瞰.PDF

动 物 学 研 究 2013，Dec. 34(6): 640−650 CN 53-1040/Q ISSN 0254-5853 Zoological Research DOI:10.11813/j.issn.0254-5853.2013.6.0640 常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰 1 2 1 4 4 1 4 3,4,* 张丽娜 ，荣昌鹤 ，何 远 ，关 琼 ，何 彬 ，朱兴文 ，刘佳妮 ，陈红菊 1. 大理学院 数学与计算机学院，云南 大理 671003 2. 云南林业职业技术学院，云南 昆明 650224 3. 红河学院，云南 蒙自 661100 4. 中国科学院昆明动物研究所 遗传资源与进化国家重点实验室，计算生物学与医学生态学研究组，云南 昆明 650223 摘要：系统发育树又称进化树、生命树等，在达尔文的“进化论”一书中首次出现，之后系统发育树的重构被广大生物学家 所接受。该文阐述了构建系统发育树的基本流程，对目前用于构建系统发育树的四类算法（距离法、最大简约法、最大似然 法和贝叶斯法）进行了详细地分析和比较，并介绍了一些常用系统发育树构建和分析软件（PHYLIP 、MEGA 、MrBayes ） 的特点。 关键词：系统发育树；距离矩阵法；最大简约法；最大似然法；贝叶斯算法；系统发育分析软件 中图分类号：Q332 文献标志码：A 文章编号：0254-5853-(2013)06-0640-11 A bird’s eye view of the algorithms and software packages for reconstructing phylogenetic trees 1 2 1 4 4 1 Li-Na ZHANG , Chang-He RONG , Yuan HE , Qiong GUAN , Bin HE , Xing-Wen ZHU , 4 3,4,* Jia-Ni LIU , Hong-Ju CHEN 1. Mathematics and Computer Science College, Dali University, Dali Yunnan 671003, China 2. Yunnan Forestry Technological College, Kunming Yunnan 650224, China 3. College of Mathematics, Honghe University, Mengzi Yunnan 661100, China 4. Computational Biology and Medical Ecology Lab, State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences , Kunming Yunnan 650223, China Abstract: The prototype phylogenetic tree, i.e., evolutionary “tree” or “tree of life”, was first conceived by Charles Darwin in his seminal book “The Origin of Species”, and its reconstructions have been approached by generations of biologists ever since. In this article, we briefly reviewed the major algorithms an