猪专门化分子生物学数据库的建立及其初步应用2.pdfVIP

主题策划　■ 分子育种 猪专门化分子生物学数据库的 建立及其初步应用 黄廷华 曹建华 余 梅 刘 榜 朱猛进 赵书红 李 奎 樊 斌 （华中农业大学动物分子生物学与育种实验室，湖北 武汉 430070） 摘 要：以公共数据库为基础，利用自编过滤程序初步建立了以核酸序列为主的猪专门化分子生物学 数据库。在此基础上初步实现了数据库应用，包括核酸电子自动延伸系统、BLAST同源序列检索程序、参 照数据库、siRNA序列设计等。本数据库为猪生物信息学研究平台的建立打下了基础。 关键词：分子生物学数据库； 生物信息学； 数据库应用； 猪 生物信息学已经成了当前生物学研究必不可少的工具之 载混合数据库至本地硬盘。在UNIX或UNIX兼容系统（如Linux系 一，从大规模的序列数据中快速提取有用信息，并根据需要进 统）下解压缩与解包，键入如下命令： 一步加工处理是结构基因组学研究的常用手段。华中农业大学 tar -xvzf est_others.tar.gz 分子生物学与育种实验室长期以来一直从事以猪为主要研究 执行该命令，便可完成解压缩与解包操作，并在当前目录 对象的有关分子生物学基础研究，获得了大批猪新基因或ESTs下产生文件est_others。该文件一般很大（超过2GB），在Windows 序列，同时亦从公共数据库中下载大量相关猪基因或ESTs序列。 下可用WinRAR、WinZip等软件解压缩。解压后的est_others文件 在此基础上，本室购置IBM服务器，建立猪专门化分子生物学二 采用EMBL和GenBank数据库的FASTA格式存储，可以以文本的方 级数据库，并实现其初步应用。 式读取。 1 专门化的猪分子生物学数据库建立 检索est_others的每条记录“”号所在行(描述信息),把含 本室已获取的大量有关猪新基因或ESTs序列是数据库数据 有sus scrofa关键词的记录提取出来(该记录即为猪的est)，保存 来源的基础。同时，利用Internet公共数据库，如GenBank数据库、 为fasta格式，整个程序采用C++语言编写，在Linux操作系统下 EMBL数据库、DDBJ数据、TIGR数据库等，运用自编过滤程序抽提 运行通过。 猪的相关序列数据，并被组合成合理的形式。 猪的其他序列数据库包括HTGS数据库、NR数据库、GSS数据 以GenBank中提取猪ESTs序列为例：登陆NCBI的FTP站点，下 库、STS数据库、mito数据库、蛋白质数据库等，处理方法同上。 2 本地化的同源序列比对 基金项目：国家自然科学基金（编号、国家 通过访问NCBI主页进行Blast序列同源性比对是常用的分析 自然科学基金重点项目资助（编号、国家重点 方法，但在有多序列比对时则较为耗时耗力。因此将Blast软件实 基础研究发展规划（编号：G2000016103）和“863”项目 现本地化以提高效率显得非常必要。一方面可以获得更高运行 （编号：2004AA222170） 从上面的实例中可以看出，利用SAS程序进行分离群体 55 T 50 QTL连锁分析在编程上简单易懂，分子与表型数据的录入直观 R 45 易调整，计算速度快，输出的结果在内容和格式可以人为控制， L 40 并可以根据情况进行程序调整，以增加输出结果内容的可知 35 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 性。另外，这一通用SAS程序可以在多种情况下进行扩展，对于