Cn3D4.1使用说明中文版.pdf

Cn3D 4.1 中文使用手册 Yang Xin （yx3240106@163.com ） 翻译 生物软件网（ ） 整理提供 Welcome to the Cn3D 4.1 Tutorial! 目录 •简介 o Cn3D 的基本功能 o 下载和安装 Cn3D o 文档约定 o 参考文献 •寻找特定的结构(MMDB) o 根据 Entrez 文献研究 o 根据 Entrez 临近序列 o 通过 BLAST 搜索 o 通过已知的 PDB 标识 •在 Cn3D 中察看特定的序列结构 o Cn3D 的基本控制操作 结构窗体的主菜单 样式面板 o Cn3D 的序列阅读器 •结构比较(VAST) o 在 Cn3D 中察看结构比较结果 Cn3D 的比对察看器 Cn3D 的比对模块 •导入和保存 o 导入序列和空间结构 o 可见的序列保守性 •注释结构 o 骨架和界标 o 自定义样式 •保存空间结构和图像 o 将 Cn3D 用于交互式图形 •高级设置 o 动画控制 o 显示无序晶体 o 类型搜寻 o 导入用户 PDB 文件 •比对编辑 o 使用编辑器 o 校正队列错误 o 将序列合并到多重序列中 简介 这是 Cn3D 4.1 的使用手册。希望能够向初次使用或是曾经使用过 Cn3D 的 用户提供一个关于本软件的基本特点的指导。新用户可能希望通过阅读这篇文档 来学习如何使用 Cn3D,而有经验的用户则可以通过上面的目录和超连接直接跳转 到自己感兴趣的章节。 本手册并不是对程序功能的详尽的介绍。在 Cn3D 的安装程序里包含有关于 Cn3D 的用户界面和详细功能介绍的帮助文档。— 见 Cn3D_Commands.chm。 Cn3D 的基本功能 Cn3D 是一个生物分子的三维结构、序列以及序列比对结果的可视化工具。 Cn3D 可以将结构与序列的信息紧密的联系起来，这是它与其它软件的一个重要的 区别：例如，一名科学家可以很快的从晶体结构中找出与导致已知疾病的突变相 关的残基，或是保留同源序列家族的活性位点的残基。Cn3D 可以通过基于结构的 序列比较来显示生物分子结构之间的比较，从而了解相关蛋白的那一个结构域在 结构与序列上表现得更为保守。同时，可以自定义标签的特性，高品质的OpenGL 的画质，还有多样的文件输出格式，都使得 Cn3D 成为文献注释的强大工具。Cn3D 的特色就是通过网络浏览器来作为 NCBI 的 Entrez 系统的一个辅助工具，但是它 也可以作为一个独立的程序来使用。 在版本 4 当中，Cn3D 已经是一个完整的多序列比较编辑器了，除此之外， 还包括一条已知序列和其他序列或是其他结构进行比较的算法。你可以新建一个 比对结果或是评价一个已有的结果。Cn3D 可以被用来作为比较CDD project 内容 的基本的辅助工具。（保守结构